分类： 生物学 >> 动物学 提交时间： 2017-10-11 合作期刊: 《动物营养学报》
摘要： 本研究旨在从肠道微生物的角度探究抗生素的作用机制，为今后绿色抗生素替代品添加剂的研究提供理论基础和参考。试验选用6头30日龄的杜×长×大三元杂交去势公猪，随机分为2组，分别为基础饲粮组（不添加抗生素）和抗生素组（基础饲粮中添加0.12%复合抗生素），每组3个重重复，每个重复1头猪。试验期为35 d。结果表明：抗生素组肠道微生物物种多样性较基础饲粮组更为丰富；抗生素组厚壁菌门（Firmicute）/拟杆菌门（Bacteroidetes）（F/B）比例较高，因此添加抗生素有利于仔猪体内脂肪的贮存；从肠道微生物的角度考虑，抗生素可能是通过促进L7A_E11、Flexispira、粪球菌属（Coprococcus）等菌属，抑制光岗菌属（Mitsuokella）、巨球菌属（Megasphaera）、柔嫩菌属（Faecalibacterium）等菌属从而发挥预防疾病、提高成活率和促进生长的作用；使用PICRUSt进行功能预测，抗生素在脂类生物合成蛋白质、甲烷代谢、转运蛋白、转录因子、转录机制、RNA转运和脂肪酸生物合成等通路中发挥了重要的作用。由此可见，抗生素可以通过调节仔猪肠道微生物，加速仔猪体内脂肪的贮存，加速断奶仔猪对粗纤维的降解作用，促进短链脂肪酸的生成，从而发挥预防疾病、提高成活率和促进生长等作用。
分类： 地球科学 >> 地球科学史 提交时间： 2020-10-20 合作期刊: 《干旱区科学》
摘要： To date, much of research on revegetation has focused on soil microorganisms due to their contributions in the formation of soil and soil remediation process. However, little is known about the soil bacteria and their functions respond to the diverse vegetational types in the process of vegetation restoration. Effects of dominated vegetation, i.e., Artemisia halodendron Turcz Ex Bess, Caragana microphylla Lam., Hedysarum fruticosum Pall. and Pinus sylvestris L. on bacterial community structures and their potential functions in the Hulun Buir Sandy Land, China were determined using high-throughput 16S rRNA gene sequencing and phylogenetic investigation of communities by reconstruction of unobserved states (PICRUSt) in 2015. Although the dominant phyla of soil bacterial community among different types of vegetation, including Proteobacteria, Actinobacteria, Acidobacteria, Bacteroidetes and Firmicutes, were similar, the relative abundance of these dominant groups significantly differed, indicating that different types of vegetation might result in variations in the composition of soil bacterial community. In addition, functional genes of bacterial populations were similar among different types of vegetation, whereas its relative abundance was significantly differed. Most carbon fixation genes showed a high relative abundance in P. sylvestris, vs. recalcitrant carbon decomposition genes in A. halodendron, suggesting the variations in carbon cycling potential of different types of vegetation. Abundance of assimilatory nitrate reduction genes was the highest in P. sylvestris, vs. dissimilatory nitrate reduction and nitrate reductase genes in A. halodendron, indicating higher nitrogen gasification loss and lower nitrogen utilization gene functions in A. halodendron. The structures and functional genes of soil bacterial community showed marked sensitivities to different plant species, presenting the potentials for regulating soil carbon and nitrogen cycling.
分类： 生物学 >> 动物学 提交时间： 2018-12-25 合作期刊: 《动物营养学报》
摘要： 本试验旨在通过16S rRNA测序技术，分析奶牛体外发酵瘤胃微生物区系随时间推移的变化规律，为探究瘤胃微生物繁殖规律及完善体外发酵分析方法提供支持。试验使用体外产气法进行发酵。采集3头健康奶牛的新鲜瘤胃液，与人工唾液混合后，注入盛有发酵底物的发酵瓶，39 ℃水浴振荡培养，分别于0、6、12、24、48 h采集发酵液，用16S rRNA测序技术分析瘤胃细菌变化规律。结果表明：1）所有的序列被鉴定为14个门和59个属。随着时间的变化，在门水平上，纤维杆菌门（Fibrobacteres）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和黏胶球形菌门（Lentisphaerae）的相对丰度减少，纤维杆菌门、拟杆菌门在48 h时显著低于其他时间点（P<0.05），黏胶球形菌门在24 h时显著低于其他时间点（P<0.05）。而螺旋体门（Spirochaetae）和变形菌门（Proteobacteria）的相对丰度增加，螺旋体门在48 h时显著高于其他时间点（P<0.05），变形菌门在12、24、48 h时显著高于其他时间点（P<0.05）；随着时间的变化，在属水平上，丁酸弧菌属（Butyrivibrio）和瘤胃球菌属（Ruminococcus）的相对丰度增加，均在在48 h时显著高于其他时间点（P<0.05）；而解琥珀酸菌属（Succiniclasticum）和普雷沃氏菌属（Prevotella）的相对丰度则减少，解琥珀酸菌属在24、48 h显著低于其他时间点（P<0.05），普雷沃氏菌属在48 h时显著低于其他时间点（P<0.05）。2）试验获得15 792个操作分类单位（OTU）并进行多样性分析，稀释曲线达到平台期；Simpson指数和Shannon指数均表明菌群丰度具有先降低后升高的趋势。综上所述，奶牛瘤胃体外发酵过程中，瘤胃细菌主要的门以及属的相对丰度以及多样性均随时间推移发生改变，且因瘤胃细菌功能差异在发酵过程的变化更为显著。因此，在使用体外发酵法进行研究时，应充分考虑瘤胃细菌的功能差异与底物以及人工唾液的营养物质减少引起的发酵环境变化的关系。
分类： 医学、药学 >> 基础医学 提交时间： 2017-12-27 合作期刊: 《南方医科大学学报》
摘要： 目的 对界膜组织中细菌16S rRNA、23S rRNA进行PCR检测，分析比较两者单独以为及联合应用于假体周围感染诊断的效率。方法 应用诊断标准对本机构67例髋关节翻修患者是否患有假体周围感染（PJI）作出诊断；用PCR技术检测各界膜组织中细菌16S rRNA和23S rRNA基因片段的表达，同样对PJI作出诊断。分别将16S rRNA、23S rRNA、16S rRNA/23S rRNA（即16S rRNA或23S rRNA检测一项为阳性结果即可）以及16S rRNA+23S rRNA 4种策略的诊断结果与诊断标准的结果比较，分析4种策略的敏感性、特异性、阳性及阴性预测值、准确性的差异。结果 应用16S rRNA/23S rRNA诊断的敏感性和阴性预测值均高于16S rRNA+23S rRNA（95.7% vs 52.2%，P<0.01；97.6% vs 79.6%，P=0.01）。4种诊断策略的特异性、阳性预测值以及准确性无显著性差异，单独应用16S rRNA或23S rRNA的诊断效率相当。 结论 单独应用16S rRNA或23S rRNA进行诊断的效率明显差异，16S rRNA/23S rRNA较16S rRNA+23S rRNA更为敏感，且阴性结果可信度更高。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2024-04-17 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为探究器官镉(Cd)积累对艾纳香内生菌的影响，该文采用16S rRNA 基因高通量 测序技术结合分子生态网络分析，研究不同外源镉处理(0、2.0 mg·kg-1)下艾纳香根、茎、 叶Cd 积累对内生菌群落结构特征的影响。结果表明：(1)与未添加外源Cd(0 mg·kg-1，Cd0) 相比，Cd(2.0 mg·kg-1，Cd2)处理促进植株生长且根、茎、叶中Cd 积累量为叶(16.75 mg·kg- 1)>茎(11.99 mg·kg-1)>根(3.96 mg·kg-1)。(2)内生菌α多样性分析表明，各器官内生菌丰富度 (Sobs 指数，Ace 指数和Chao 指数)和多样性(Shannon 指数和Simpson 指数)均以根最高， 茎次之，叶最低且Cd2 处理各器官内生菌丰富度和多样性均高于Cd0 处理。(3)在门水平上， 两处理根、茎、叶内生菌均以变形菌门、放线菌门和厚壁菌门为优势菌群；在属水平上， 代尔夫特菌是Cd0 和Cd2 处理各器官的主要菌属， 相对丰度分别为53.0%~92.7%和 57.1%~89.2%；艾纳香根、茎、叶内生菌群落结构有一定的相似性，Cd2 处理提高根、茎、 叶共有内生菌属的比例及各器官(根除外)独有内生菌属比例。(4)LDA Effect Size 分析表明， 相同处理不同器官间及不同处理相同器官间内生菌属存在差异。(5)冗余分析(RDA)发现， 根际土壤Cd、器官Cd 含量与内生菌群落结构组成有明显的相关性。(6)共发生网络分析结 果显示，Cd 积累使艾纳香根、叶内生菌共发生网络变得复杂且增强根、茎物种间的竞争作 用和叶物种间的协同共生作用。综上所述，外源Cd 处理影响艾纳香各器官内生菌群落结 构及相互作用模式。
分类： 医学、药学 >> 基础医学 提交时间： 2017-12-07 合作期刊: 《南方医科大学学报》
摘要： 目的 建立口腔需氧菌和兼性菌的系统分离鉴定方法。方法 招募20名口腔健康志愿者及8名口腔疾病患者，分别采集唾液、龈下菌斑、龈上菌斑和根尖周肉芽样本，采用形态鉴定、全自动生化鉴定仪及16s rRNA基因测序的多相分类方法，对口腔可培养细菌进行分离鉴定。结果 鉴定出口腔菌种63种，共175株，梅里埃生化鉴定与16s rRNA基因鉴定的符合度为22.39%，不符合的菌种以基因测序结果为准。链球菌属、放线菌属和葡萄球菌属检出率占前3位，菌种以咽峡炎链球菌、口腔放线菌、变异链球菌、缓症链球菌检出频率最高。慢性根尖周炎的咽峡炎链球菌检出率最高；放射性龋患者中，中间链球菌、金黄色葡萄球菌检出率较高；猛性龋患者中，变异链球菌远高于其他细菌。结论 口腔需氧菌和兼性厌氧菌中以革兰阳性菌检出率最高。对于口腔细菌鉴定来说，梅里埃生化鉴定仪鉴定准确率不高，但可提供菌株生理生化指标，而全长的16s rRNA基因测序鉴定更为可靠。
分类： 医学、药学 >> 基础医学 提交时间： 2017-12-07 合作期刊: 《南方医科大学学报》
摘要： 目的 建立口腔需氧菌和兼性菌的系统分离鉴定方法。方法 招募20名口腔健康志愿者及8名口腔疾病患者，分别采集唾液、龈下菌斑、龈上菌斑和根尖周肉芽样本，采用形态鉴定、全自动生化鉴定仪及16s rRNA基因测序的多相分类方法，对口腔可培养细菌进行分离鉴定。结果 鉴定出口腔菌种63种，共175株，梅里埃生化鉴定与16s rRNA基因鉴定的符合度为22.39%，不符合的菌种以基因测序结果为准。链球菌属、放线菌属和葡萄球菌属检出率占前3位，菌种以咽峡炎链球菌、口腔放线菌、变异链球菌、缓症链球菌检出频率最高。慢性根尖周炎的咽峡炎链球菌检出率最高；放射性龋患者中，中间链球菌、金黄色葡萄球菌检出率较高；猛性龋患者中，变异链球菌远高于其他细菌。结论 口腔需氧菌和兼性厌氧菌中以革兰阳性菌检出率最高。对于口腔细菌鉴定来说，梅里埃生化鉴定仪鉴定准确率不高，但可提供菌株生理生化指标，而全长的16s rRNA基因测序鉴定更为可靠。
分类： 医学、药学 >> 基础医学 提交时间： 2017-12-21 合作期刊: 《南方医科大学学报》
摘要： 目的 分离、鉴定具备重金属铅抗性、铅吸附性的乳酸菌，为成为具有排铅功能的新型保健食品提供新的菌源。方法 利用乳酸菌选择性培养基MRS，从30份健康、足月新生儿粪便分离耐铅菌，通过形态特征，16S rRNA测序，构建系统发育树；利用《伯杰氏系统细菌学手册》进行生理生化、药敏检测和耐酸耐胆盐试验；进一步通过ICP-OES法检测分离菌对铅离子的吸附能力。结果 分离得到3株可耐受500 mg/L铅离子浓度的干酪乳杆菌，均对青霉素、头孢曲松敏感。耐酸耐胆盐试验显示pH 2.0人工胃液培养3 h，细菌数保持相同数量级，0.3%的胆盐环境8 h存活率可达62.5%。吸附实验表明对低浓度（1 mg/L）铅离子的吸附率高达90.4%，对高浓度（50 mg/L）铅离子的吸附率可达86.27%。结论 从新生儿粪便中分离到3株具备铅抗性、铅吸附性、耐酸耐胆盐的干酪乳杆菌，为利用益生菌膳食策略缓解铅中毒效应开辟新的途径和解决方案。
分类： 医学、药学 >> 基础医学 提交时间： 2018-01-25 合作期刊: 《南方医科大学学报》
摘要： 目的 利用16s rRNA高通量测序技术分析糖尿病足骨髓炎（DFO）感染骨组织中病原微生物特点，为临床感染病原菌的鉴 定及治疗提供快速、准确的方法。方法 收取2016年9月~2017年4月于本科室住院的16例DFO患者清创术中获取的感染骨标 本，分别利用16s rRNA高通量测序技术和血培养分析仪进行病原微生物的鉴定，分析16s rRNA测序结果中DFO的菌群特点， 并与培养结果相比较。结果 16s rRNA测序显示DFO骨组织病原微生物多样性较大，分布较为均匀，共获得优势菌属20种， 占 所有菌属的87.00%，其中Prevotella是丰度最大的菌属。两种鉴定方法结果均显示DFO病原菌以革兰氏阴性菌为主。与培养 法相比， 16s rRNA测序阳性率较高（100% vs 88.24%），平均每个样本病原菌数较多（12.56 vs 1.50），革兰氏阴性菌所占的比例较 高（67.16% vs 50.00%）。此外， 16s rRNA测序结果覆盖了除 Escherichia coli、Serratia marcescens及Enterobacter cloaca外的所 有培养病原菌结果，甚至有高达13种菌属不存在于培养结果，其中Anaerococcus、Veillonella、Bacteroides、Fusobacterium、 Porphyromonas、Finegoldia、Prevotella、Peptostreptococcus、Parvimonas、Peptoniphilus和Bulleidia均为专性厌氧菌或严格厌氧 菌，而培养结果中并无厌氧菌的出现。但培养结果显示，DFO中多重耐药菌的比例高达58.33%。结论 16s rRNA高通量测序 能较好展示DFO骨组织中菌群微生态的多样性及丰度特点。DFO骨组织病原微生物多样性大，分布均匀，但优势菌属分布离 散，以革兰氏阴性菌为主。与培养法相比， 16s rRNA测序对病原菌的鉴定简单而准确，尤其在对革兰氏阴性菌和厌氧菌鉴定方 面有显著的优势，可快速而准确地指导DFO感染治疗。
分类： 生物学 >> 生态学 提交时间： 2023-07-06
摘要： 样品重复数设计是eDNA监测技术标准化中最靠前的一个关键环节，采样中应该设置多少个样品重复先前已有研究探讨，而样品重复应该是在空间上设置系列样点，还是在时间上设置连续采样，这对于eDNA监测实践十分重要，但尚未有研究仔细探讨。针对此问题，本研究以长江武汉段为案例，通过分析不同重复采样方式所获得的eDNA监测检出的物种组成，探讨大型河流中eDNA监测的重复采样建议。结果显示，细菌和后生动物的eDNA监测空间序列样品比时间序列样品所检出的累计物种数多，所检出物种组成的空间异质性比时间异质性大，而真菌、藻类、原生动物三个细分类群相反。因此，我们建议在大型河流中，用eDNA监测环境微生物和后生动物，样品重复的设计优先关注空间重复采样；监测真菌、藻类、原生动物，样品重复的设计优先关注时间重复采样。采取空间重复采样应注意采样时间的选择，采取时间重复采样应注意采样点位的选择，针对细分类群的监测采样应注意保证样品重复数量。
分类： 农、林、牧、渔 >> 农业基础学科 提交时间： 2017-11-09 合作期刊: 《中国生态农业学报》
摘要： 解磷细菌在增加土壤可溶性磷含量、提高磷肥利用效率方面具有重要作用。为选筛高效解磷菌、探讨其解磷机制, 本文利用平板溶磷圈法筛选解磷细菌, 采用钼锑抗比色法研究其解磷活性, 苯磷酸二钠法研究其磷酸酶活性, 利用薄层层析分析其产生的有机酸, 根据生理生化特征和16S rRNA 基因序列系统发育分析,确定其分类学地位。结果表明, 菌株JXJ-11 和JXJ-15 对植酸钙的降解活性很强, 3 d 后培养液中可溶性磷浓度分别增加219 mg·L1 和216 mg·L1; 对磷酸钙降解活性较弱, 最高可溶性磷浓度仅为植酸钙的21.79%~30.37%;解磷细菌可分泌酸性、中性和碱性磷酸酶, 降解不溶性磷, 可能产生丙酸和琥珀酸等有机酸, 降低培养液pH,增加可溶性磷浓度。两株细菌均为革兰氏阴性杆菌, 无芽孢, 产生硫化氢, 其中菌株JXJ-11 的16S rRNA 基因序列与Sphingomonas melonis DAPP-PG 224T 和S. aquatilis JSS7T 相似性最高(99.79%), 菌株JXJ-15 的16S rRNA 基因序列与Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae DSM 30104T 相似性最高(99.73%), 根据以上信息, 确定菌株JXJ-11 和JXJ-15 分别是鞘氨醇单胞菌属和克雷白氏杆菌属的成员。菌株JXJ-11 和JXJ-15 的解磷机制包括分泌有机酸和磷酸酶, 其中JXJ-11 在微生物磷肥研制方面具有潜在应用价值。
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