分类： 生物学 >> 植物学 提交时间： 2022-12-29 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为开发适当的生物学工具以探索辣椒对水涝胁迫应答的分子机制，该文对不同淹水处理的 辣椒样本进行转录组分析，获得了丰富的序列数据，并在此基础上对 SSR 分子标记进行挖掘。结果 表明：（1）辣椒转录组检测共获得 128 939 条 Unigene，其总全长与均长以及 GC 含量分别是 55 082 725 bp、1 101 bp 和 40.57%。与七大功能数据库进行比较，分别有 102 123（NR：79.20%）、110 157 （NT：85.43%）、70 203（SwissProt：54.45%）、73 539（KOG：57.03%）、77 646（KEGG：60.22%）、 77 442（GO：60.06%）以及 68 216（Pfam：52.91%）个 Unigene 获得功能注释。发现脂质代谢、碳 水化合物代谢、氨基酸代谢、环境适应、次级代谢物生物合成、信号转导和翻译等途径在辣椒水涝 胁迫应答中起重要作用。（2）从辣椒转录组数据中发掘到26 574 个SSR 位点分布在24 889 个Unigene 中。SSR 的出现频率为 20.61%，其中单核苷酸重复所占比例（37.26%）最高，其次是三核苷酸（31.00%） 和二核苷酸（25.44%）重复类型，三者占 EST-SSR 总数的 93.70%。在单核苷酸与二核苷酸中最多 的基序类型为 A/T、AG/CT 和 TC/GA，然后是 AT 和 TA；三核苷酸中最常见的基序类型是 TTG/CAA 和 ACA/TGT。（3）用 Primer 3 设计了 EST-SSR 引物 10 002 对，随机选择 30 对引物进行 PCR 扩增， 均可获得有效扩增。通过 3 份辣椒材料进行扩增，其中 7 对引物可以扩增出目标条带。综上所述， 在辣椒中优势 SSR 重复类型的基序结构和其他品种基本相近，并初步探索了辣椒水涝胁迫应答的分 子机制，开发了 EST-SSR 标记，为辣椒耐涝遗传育种提供参考。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2021-07-20 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 香合欢是我国南方特有的珍贵用材树种，对其种质资源开展群体遗传学研究，对于该 树种种质资源的保护利用具有重要意义。该文根据香合欢转录组测序结果设计开发EST-SSR 引物，并在黄豆树、南洋楹、黑木相思、格木等近缘树种中进行通用性分析研究。结果表明：所开发的243 对引物有171 对能够成功扩增出目的条带，在香合欢、黄豆树、南洋楹、黑木相思、格木中的有效扩增率分别为63.79%、33.75%、45.68%、41.56%、14.81%；多态性比率分别为23.87%、12.20%、9.01%、3.96%、2.78%；5 个物种间均通用的引物有18 对。通 过验证共获得香合欢SSR 多态性标记37 个，黄豆树和南洋楹多态性标记均为10 个，黑木 相思多态性标记4 个，格木多态性标记1 个。所开发的香合欢EST-SSR 标记，可以满足开 展香合欢群体遗传学相关研究的需要，并在黄豆树、南洋楹等近缘树种中具有较好的通用性 和研究实用性。综上结果表明，EST-SSR 标记将为香合欢、黄豆树、南洋楹、黑木相思、格 木等树种的种质资源遗传多样性评价、育种材料指纹图谱构建、群体交配系统分析等方面提 供可靠研究工具。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2024-03-26 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为探究山东银莲花在全光照的山顶灌丛和阴暗的针阔混交林下两种不同生境中的生态适应机制， 并开发其EST-SSR 分子标记，该研究利用Illumina 高通量测序技术对开花期的山东银莲花叶片进行转 录组测序，获取其功能注释和差异表达基因。结果表明：（1）转录组测序共得到53 536 条Unigenes 序 列，其中27 448 条成功获得注释。（2）差异表达基因5 635 个，1 600 个在山顶灌丛的山东银莲花中上 调表达，其余4 035 个下调表达。有2 460 个差异表达基因注释到GO 数据库2 533 个三级条目中，1 051 个差异表达基因注释到KEGG 数据库的113 条代谢通路中。（3）山东银莲花适应于异质生境的代 谢通路主要涉及光合作用-天线蛋白通路和类黄酮生物合成通路，光合作用-天线蛋白通路中lhca5 基因 上调表达，lhca1-3 基因下调表达，类黄酮生物合成通路中chs、c4h、f3’h、f3h、fls、ans、chi、 ccoaomt 和hct 基因均上调表达。（4）从山东银莲花转录组数据中共搜索获得7 146 个SSR 位点分布于 6 006 条Unigenes 序列中，共计106 种重复基序，优势重复基序为单核苷酸重复。设计合成100 对ESTSSR 引物中共有68 对引物具有有效性，其中11 对具有多态性，共扩增24 个多态性片段。该研究结果 有助于更深入地理解山东银莲花在不同生境中的适应性调节机制，并首次开发其EST-SSR 分子标记填 补该方面的空白，为该生物的保护和利用提供了重要的分子标记资源。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2023-12-26 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为探究山东银莲花在全光照的山顶灌丛和阴暗的针阔混交林下两种不同生境中的生态适应机制， 并开发其EST-SSR 分子标记，该研究利用Illumina 高通量测序技术对开花期的山东银莲花叶片进行转 录组测序，获取其功能注释和差异表达基因。结果表明：（1）转录组测序共得到53 536 条Unigenes 序 列，其中27 448 条成功获得注释。（2）差异表达基因5 635 个，1 600 个在山顶灌丛的山东银莲花中上 调表达，其余4 035 个下调表达。有2 460 个差异表达基因注释到GO 数据库2 533 个三级条目中，1 051 个差异表达基因注释到KEGG 数据库的113 条代谢通路中。（3）山东银莲花适应于异质生境的代 谢通路主要涉及光合作用-天线蛋白通路和类黄酮生物合成通路，光合作用-天线蛋白通路中lhca5 基因 上调表达，lhca1-3 基因下调表达，类黄酮生物合成通路中chs、c4h、f3’h、f3h、fls、ans、chi、 ccoaomt 和hct 基因均上调表达。（4）从山东银莲花转录组数据中共搜索获得7 146 个SSR 位点分布于 6 006 条Unigenes 序列中，共计106 种重复基序，优势重复基序为单核苷酸重复。设计合成100 对ESTSSR 引物中共有68 对引物具有有效性，其中11 对具有多态性，共扩增24 个多态性片段。该研究结果 有助于更深入地理解山东银莲花在不同生境中的适应性调节机制，并首次开发其EST-SSR 分子标记填 补该方面的空白，为该生物的保护和利用提供了重要的分子标记资源。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2019-03-14 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为了明确广西野生茶树种质资源的遗传背景，从而为广西野生茶树种质资源科学保护和合理利用提供理论依据。从广西宁明县、金秀县、苍梧县收集到14份地方野生茶树种质资源，以17个国家级茶树良种作参照，采用EST-SSR分子标记技术，研究广西这三个地方野生茶树与国家级茶树良种间的亲缘关系及广西地方茶树自身遗传多样性。实验结果显示：15对EST-SSR引物共检测到68个等位基因，平均每个引物可扩增出4.53个，其中多态性位点为60个，多态性比率达88.2%。平均观测杂合度、平均期望杂合度、平均Shannon信息指数分别为0.42、0.55和0.97。PIC值在0.23-0.74之间，平均为0.52，多态性较好。遗传相似系数在0.53-0.9之间，平均值为0.71，31份供试材料在遗传相似系数为0.71分为5组群，76%参照品种聚在A组群，而广西本地的野生茶树资源则主要分布在B、C、D、E组群。利用该研究中的四对核心引物即可将31份供试材料全部区分开，挑选其中10个多态性较好的等位位点进行编码，构建31份供试种质的DNA分子指纹图谱。研究表明广西野生茶树资源与国家级茶树良种间遗传差异较大，亲缘关系较远，遗传基础宽，多样性非常丰富，可作为茶树育种的亲本或开展茶树功能基因研究的材料。
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