阴地蕨全转录组分析及植物激素信号转导相关基因筛选

分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2020-01-12 合作期刊: 《广西植物》

张林甦  韩忠耀  王传明  邓先扩

摘要： 阴地蕨是蕨类阴地蕨科阴地蕨属常用植物药，其生长发育有一定的代表性，为获得其转录组等生物学信息进行了二代测序和分析。该文以新鲜阴地蕨全株为材料，用Illumina HiSeq 2500 平台进行全转录组测序，干净序列经组装后得单一基因（ Unigene ） ， 将Unigene 在非冗余蛋白/ 核酸数据库（ nonredundant protein database,Nr）、核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Database，Nt）、基因本体论数据库（gene ontology,GO）、蛋白质真核同源数据库（clusters of eukaryotic orthologous groups,COG ） 、东京基因与基因组百科全书（ Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）、蛋白质序列数据库SwissProt 和Interpro 进行生物信息学分析。结果显示共获得干净序列6.67 Gb ，组装后得到58 646 个Unigene，平均长度1 023bp，Unigene 在上述数据库的总体注释率为69.25%，其中，在GO 数据库中20 762个基因被注释到生物功能、细胞组分和分子功能3 个本体的52 个功能组，COG 注释了20 633 个基因并将其划分为25 个功能簇，在KEGG 数据库中比对注释了29 377个基因，可划分为5 个大类、19 个亚类代谢途径,据此筛选出八类植物激素信号转导相关的41 个基因家族；通过比对共得到43 102 个编码序列（coding sequence，CDS），平均长度749 bp, N50 为1 137；筛选到60 个转录因子transcript factor,TF）家族共1 502个转录因子基因；共发现17 195 个单核苷酸多态性（single-nucleotide polymorphism，SNP）位点，其中碱基转换11 122 个，颠换6 073 个；发现了8 245 个简单序列重复（simple sequence repeat，SSR），数量最多的为二核苷酸重复和三核苷酸重复。这些结果从功能和结构方面提供了阴地蕨整体转录组信息和涉及植物激素信号转导的潜在基因，为进一步深入研究阴地蕨的生长发育、遗传、品种鉴别等提供了分子生物学的基础数据。

 点击量 7993  下载量 1584  评论