分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2023-12-26 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 越南小花金花茶(Camellia minima) 是一种珍稀濒危的金花茶组植物，目前尚未有其 叶绿体基因组的相关研究。该研究利用Illumina HiSeq 2000 平台对越南小花金花茶进行了叶 绿体基因组序列的测序、组装、注释和分析。结果表明：(1) 越南小花金花茶叶绿体基因组 全长156 961 bp，为典型的四分体结构，共注释到136 个基因，其中包含87 个蛋白编码 基因，41 个tRNA 基因和8 个rRNA 基因。(2) 分析鉴定出66 个SSR 位点和39 个重复序 列。(3) 密码子偏好使用以A/U 结尾的密码子，综合ENC 绘图、PR2-plot 和中性分析推测 自然选择是影响密码子使用模式的主导因素。(4) 边界分析显示ycf1 基因的长度和位置在不 同金花茶组植物间存在差异。(5) 对已发表的金花茶组植物叶绿体基因组的系统发育分析发 现越南小花金花茶与小花金花茶聚为一支，亲缘关系很近。该研究结果为探索物种进化和 提高外源基因表达提供了重要的参考信息，同时为后续的金花茶组植物的保护和利用提供 了理论基础。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2024-04-17 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 蒟蒻薯属(Tacca)植物的分类一直存在很大的争议，其中广西裂果薯(Schizocapsa guangxiensis)被认为应与裂果薯(Tacca plantanginea)归并为同一物种，但也有学者根据它们 的形态差异划分为不同的物种。为了明确广西裂果薯与裂果薯的遗传差异和系统发育关系， 本研究对广西裂果薯进行DNA 高通量测序，利用生物信息软件组装了完整的叶绿体基因 组，并与已发表的裂果薯叶绿体基因组进行比较及系统发育分析。结果表明：(1)广西裂果 薯和裂果薯的叶绿体基因组大小分别为162 149 bp 和160 749 bp，GC 含量都是36.90%， 两者注释后得到的基因种类和基因数目完全一致，包含89 个蛋白质编码基因、37 个tRNA 基因、6 个rRNA 基因。(2)密码子的偏好性分析显示，两物种使用的密码子频率存在一定 的差异，但是都偏好以A/T(U)结尾的密码子。(3)与裂果薯相比，广西裂果薯的SSC 边界 发生明显的扩张现象，是导致两者叶绿体基因组长度差异的主要因素。(4)广西裂果薯与裂 果薯在LSC 和SSC 区域内存在一些序列分歧，尤其是基因间隔区，可用于开发物种特异性 分子标记。(5)系统发育结果显示，广西裂果薯与裂果薯的亲缘关系较远，尽管广西裂果薯 寄定在蒟蒻薯属内，但是它们属于两个不同的物种。该研究丰富了广西裂果薯叶绿体基因 组遗传信息，为广西裂果薯物种分类、遗传多样性分析和物种保护提供了理论依据。
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