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1. chinaXiv:201805.00529 [pdf]

MUSER的负数据库接口设计与实现

石聪明; 张晓丽; 王锋; 戴伟; 杨秋萍
Subjects: Astronomy >> Astrophysical processes

明安图射电频谱日像仪(MingantU SpEctral Radioheliograph, MUSER)目前已经进入常规观测,必将产生海量的观测数据。针对日像仪需要高效管理其产生的海量观测数据并提供高效检索服务的需求,负数据库管理系统提出并被应用到日像仪中。详细介绍了负数据库的接口设计与实现,并通过实验验证了所设计接口的有效性和性能。负数据库管理系统不仅可以有效解决其面临的问题,也可以为新一代望远镜负数据库管理系统提供参考。

submitted time 2018-05-29 From cooperative journals:《天文研究与技术》 Hits3970Downloads773 Comment 0

2. chinaXiv:201805.00159 [pdf]

一种基于多尺度带通滤波的洁化算法与GPU实现

梅盈; 邓辉; 张晓丽; 王锋; 陈腾达
Subjects: Astronomy >> Astrophysical processes

中国新一代频电频谱日像仪-明安图射电频谱日像仪(Mingantu Spectral Radioheliograph,MUSER)以高时间、高空间、高频率分辨率工作在0.4GHz~15GHz,为太阳爆发活动初始能量释放区的物理过程、太阳电子加速等研究开辟了新的窗口。高性能高质量太阳成像算法是MUSER数据处理流水线至关重要的研究内容。参考法国墨东天文台太阳干涉阵的数据处理方法,系统讨论分析了多尺度(Multi-Scale)CLEAN算法,给出了适用于MUSER的多尺度CLEAN算法参数,并重点讨论了算法的GPU并行。实验结果表明,改进的多尺度CLEAN在算法效率上比基于GPU实现的H?gbom CLEAN提高了近3倍,有效提高了整个MUSER数据处理流水线的性能。

submitted time 2018-05-15 From cooperative journals:《天文研究与技术》 Hits1190Downloads671 Comment 0

3. chinaXiv:201712.02111 [pdf]

雌性生殖干细胞全基因组范围选择性多聚腺苷酸化位点分析

沈挺挺(1);张晓丽(2);张 盼(3);康亚妮(2);田 静 (3);赵小东(2)
Subjects: Medicine, Pharmacy >> Preclinical Medicine

目的 描绘小鼠雌性生殖干细胞(FGSCs)和胚胎干细胞(ESCs)全基因组范围内选择性多聚腺苷酸化(APA)位点,通过细胞间的比较,分析生殖干细胞特异性的APA位点对其生物学特性的影响。方法 利用本实验室之前建立的基于高通量测序的转录本3’末端poly(A)位点捕获方法3T-seq确定并比较两个细胞系中所有APA位点,通过DAVID对具有APA位点差异的基因进行Gene Ontology分析。结果 在两种细胞系中共确定16 973个基因的50 243个APA位点,发现FGSCs中相较于ESCs 3’UTR发生长度变化的基因1148个,其中795个(66%)3’UTR变短,353个(34%)基因3’UTR变长,与生殖发育密切相关的基因3’UTR存在显著的缩短现象。结论 FGSCs存在与ESCs不同的APA谱,APA介导的3’UTR变化参与生殖发育相关的生物学过程,揭示了生殖干细胞的基因转录后调控机制。

submitted time 2017-12-27 From cooperative journals:《南方医科大学学报》 Hits409Downloads268 Comment 0

4. chinaXiv:201711.01282 [pdf]

一种基于MPI + CUDA的高性能天文数据分发方法

方兵(1);邓辉(1);张晓丽(1);梅盈(2);石聪明(1);陈晓林(1);戴伟(1,2);吴静平(1);王锋(1,2)
Subjects: Astronomy >> Astrophysical processes

天文海量数据的出现给天文软件的开发带来了诸多挑战。近年来,随着并行计算技术的发展,MPI + GPU逐渐成为当前高性能天文数据处理的主要模式。针对太阳高分辨图像重建中如何提高重建性能这一问题,对其中的数据读取与数据分发方法进行了系统研究。传统的MPI并行处理时,主进程将原图切割成子块,随后将子块发送到各子进程重建,重建后的结果返回主进程。当子进程数量较大且计算节点数量较少时,这种数据分发过程显著增加通讯时长,影响整个重建过程的效率。提出MPI + CUDA的一种树状数据分发方法,给出了算法的基本思路与实现方法。实验结果表明,树状分发方式比一般采用的平行分发方式可以提高速度近一倍,成果对天文海量数据开发处理有一定的借鉴作用。

submitted time 2017-09-26 From cooperative journals:《天文研究与技术》 Hits783Downloads481 Comment 0

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