分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2023-12-26 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 越南小花金花茶(Camellia minima) 是一种珍稀濒危的金花茶组植物，目前尚未有其 叶绿体基因组的相关研究。该研究利用Illumina HiSeq 2000 平台对越南小花金花茶进行了叶 绿体基因组序列的测序、组装、注释和分析。结果表明：(1) 越南小花金花茶叶绿体基因组 全长156 961 bp，为典型的四分体结构，共注释到136 个基因，其中包含87 个蛋白编码 基因，41 个tRNA 基因和8 个rRNA 基因。(2) 分析鉴定出66 个SSR 位点和39 个重复序 列。(3) 密码子偏好使用以A/U 结尾的密码子，综合ENC 绘图、PR2-plot 和中性分析推测 自然选择是影响密码子使用模式的主导因素。(4) 边界分析显示ycf1 基因的长度和位置在不 同金花茶组植物间存在差异。(5) 对已发表的金花茶组植物叶绿体基因组的系统发育分析发 现越南小花金花茶与小花金花茶聚为一支，亲缘关系很近。该研究结果为探索物种进化和 提高外源基因表达提供了重要的参考信息，同时为后续的金花茶组植物的保护和利用提供 了理论基础。
分类： 计算机科学 >> 计算机科学的集成理论 提交时间： 2018-12-13 合作期刊: 《计算机应用研究》
摘要： 传统的矩阵分解模型无法充分探索用户与物品在均值、偏置和特征之间的内在联系，提出拟合矩阵模型，通过构建用户与物品矩阵分别代表用户与物品特性，提高预测性能。矩阵分解模型在推荐系统领域有精度优势，但求解模型参数最常用的梯度下降法收敛速度缓慢。针对梯度下降法的上述缺陷，考虑与拟牛顿法进行融合，使得收敛速度加快。提出的算法命名为拟合矩阵与两阶融合迭代加速推荐算法(fitting matrix and two orders fusion iterative，FAST)。实验表明，FAST算法比传统的非负矩阵分解(NMF），奇异值矩阵分解(SVD），正则化奇异值矩阵分解（RSVD）在平均绝对误差(MAE）与均方根误差(RMSE）上有下降，在迭代效率上有显著提高，缓解了精度与迭代效率难以平衡的问题。
分类： 生物学 >> 生物工程 提交时间： 2017-11-21 合作期刊: 《中国生物工程杂志》
摘要： 目的 探讨地塞米松降解代谢新基因，为构建高效、稳定的地塞米松降解基因工程菌提供思路。方法 根据新发现的地塞米松降解菌Burkholderia sp.CQ001（B.CQ001）全基因组测序和生物信息学分析，筛选疑似与地塞米松代谢相关基因。提取B.CQ001总RNA逆转录为cDNA，以cDNA为模板，利用PCR技术快速克隆经实时荧光定量PCR技术（RT-qPCR）验证筛选出的新基因，测序鉴定后连接原核表达载体pET-28a-c(+)，构建重组质粒pET-28a-Ivd。将pET-28a-Ivd转化感受态Burkholderia sp.CQ001，高效液相色谱（HPLC）验证表达菌降解能力的提升。结果 从B.CQ001基因组中筛选出3个未知基因分别为：ORF05499，ORF05827，ORF06535，其表达产物分别为：过氧化物还原酶，甾酮异构酶，异戊酰辅酶A脱氢酶；实时荧光定量PCR分析显示，3个目的基因在地塞米松诱导后均有不同程度表达上调，基因ORF06535表达上调明显；在B.CQ001中过表达基因ORF06535，HPLC检测显示，表达菌对地塞米松磷酸钠和地塞米松的降解率可达到89.0%和80.0%，相比原菌B.CQ001有明显提升。结论 在B.CQ001中发现新的地塞米松降解相关基因ORF06535，并完成基因克隆和功能验证，为制备地塞米松以及甾体激素污染的生物修复剂提供了新的基因信息。
分类： 生物学 >> 生物工程 提交时间： 2017-11-21 合作期刊: 《中国生物工程杂志》
摘要： 目的 探讨地塞米松降解代谢新基因，为构建高效、稳定的地塞米松降解基因工程菌提供思路。方法 根据新发现的地塞米松降解菌Burkholderia sp.CQ001（B.CQ001）全基因组测序和生物信息学分析，筛选疑似与地塞米松代谢相关基因。提取B.CQ001总RNA逆转录为cDNA，以cDNA为模板，利用PCR技术快速克隆经实时荧光定量PCR技术（RT-qPCR）验证筛选出的新基因，测序鉴定后连接原核表达载体pET-28a-c(+)，构建重组质粒pET-28a-Ivd。将pET-28a-Ivd转化感受态Burkholderia sp.CQ001，高效液相色谱（HPLC）验证表达菌降解能力的提升。结果 从B.CQ001基因组中筛选出3个未知基因分别为：ORF05499，ORF05827，ORF06535，其表达产物分别为：过氧化物还原酶，甾酮异构酶，异戊酰辅酶A脱氢酶；实时荧光定量PCR分析显示，3个目的基因在地塞米松诱导后均有不同程度表达上调，基因ORF06535表达上调明显；在B.CQ001中过表达基因ORF06535，HPLC检测显示，表达菌对地塞米松磷酸钠和地塞米松的降解率可达到89.0%和80.0%，相比原菌B.CQ001有明显提升。结论 在B.CQ001中发现新的地塞米松降解相关基因ORF06535，并完成基因克隆和功能验证，为制备地塞米松以及甾体激素污染的生物修复剂提供了新的基因信息。
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