分类： 物理学 >> 普通物理:统计和量子力学,量子信息等 提交时间： 2023-08-25 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 白芷为常用的药食同源的品种，既是临床常用中药，也是香料，用途十分广泛。为 获取白芷全基因组序列信息，该研究用杭白芷叶片 DNA 为材料，采用 Nanopore 测序技术 构建杭白芷全基因组数据库，并利用生物信息学方法对获得的核苷酸序列进行组装、功能 注释以及进化分析研究。结果表明：（1）原始测序数据过滤后获得 662 Gb 三代数据，Read N50 约为 32 932 bp，经过组装得到杭白芷基因组大小为 5.6 Gb，Contig N50 约为 806 638 bp。（2）组装后的序列通过与 KOG、GO、KEGG 等功能数据库比对，得到了功能注释的 基因共有 66.47%，KOG 功能注释结果表明杭白芷的蛋白功能主要集中在一般功能预测、 翻译后修饰、蛋白质转换、伴侣以及信号转导机制；GO 功能分类表明杭白芷的基因集中 在生物学过程及细胞组分；KEGG 通路注释表明参与代谢途径的基因占主要地位。（3）杭 白芷的基因集中在 45 个 BGLU 家族基因。该研究首次利用第三代测序技术对杭白芷全基因 组进行解析，为杭白芷的系统生物学研究奠定基础，有利于进一步深入开发和利用杭白 芷，同时也对杭白芷中 BGLU 家族基因进行初步分析，为后续进一步研究 BGLU 在杭白芷 生长发育中的功能提供了重要的理论基础。
分类： 生物学 >> 植物学 提交时间： 2023-08-24 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 白芷为常用的药食同源的品种，既是临床常用中药，也是香料，用途十分广泛。为 获取白芷全基因组序列信息，该研究用杭白芷叶片 DNA 为材料，采用 Nanopore 测序技术 构建杭白芷全基因组数据库，并利用生物信息学方法对获得的核苷酸序列进行组装、功能 注释以及进化分析研究。结果表明：（1）原始测序数据过滤后获得 662 Gb 三代数据，Read N50 约为 32 932 bp，经过组装得到杭白芷基因组大小为 5.6 Gb，Contig N50 约为 806 638 bp。（2）组装后的序列通过与 KOG、GO、KEGG 等功能数据库比对，得到了功能注释的 基因共有 66.47%，KOG 功能注释结果表明杭白芷的蛋白功能主要集中在一般功能预测、 翻译后修饰、蛋白质转换、伴侣以及信号转导机制；GO 功能分类表明杭白芷的基因集中 在生物学过程及细胞组分；KEGG 通路注释表明参与代谢途径的基因占主要地位。（3）杭 白芷的基因集中在 45 个 BGLU 家族基因。该研究首次利用第三代测序技术对杭白芷全基因 组进行解析，为杭白芷的系统生物学研究奠定基础，有利于进一步深入开发和利用杭白 芷，同时也对杭白芷中 BGLU 家族基因进行初步分析，为后续进一步研究 BGLU 在杭白芷 生长发育中的功能提供了重要的理论基础。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2023-08-04 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 白芷为常用的药食同源的品种，既是临床常用中药，也是香料，用途十分广泛。为 获取白芷全基因组序列信息，该研究用杭白芷叶片 DNA 为材料，采用 Nanopore 测序技术 构建杭白芷全基因组数据库，并利用生物信息学方法对获得的核苷酸序列进行组装、功能 注释以及进化分析研究。结果表明：（1）原始测序数据过滤后获得 662 Gb 三代数据，Read N50 约为 32 932 bp，经过组装得到杭白芷基因组大小为 5.6 Gb，Contig N50 约为 806 638 bp。（2）组装后的序列通过与 KOG、GO、KEGG 等功能数据库比对，得到了功能注释的 基因共有 66.47%，KOG 功能注释结果表明杭白芷的蛋白功能主要集中在一般功能预测、 翻译后修饰、蛋白质转换、伴侣以及信号转导机制；GO 功能分类表明杭白芷的基因集中 在生物学过程及细胞组分；KEGG 通路注释表明参与代谢途径的基因占主要地位。（3）杭 白芷的基因集中在 45 个 BGLU 家族基因。该研究首次利用第三代测序技术对杭白芷全基因 组进行解析，为杭白芷的系统生物学研究奠定基础，有利于进一步深入开发和利用杭白 芷，同时也对杭白芷中 BGLU 家族基因进行初步分析，为后续进一步研究 BGLU 在杭白芷 生长发育中的功能提供了重要的理论基础。
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