分类： 生物学 >> 植物学 分类： 生物学 >> 植物学 分类： 农、林、牧、渔 >> 园艺学 提交时间： 2020-03-03
摘要： Background: Aneuploidy, a condition caused by an imbalance between the relative dosages of chromosomes, generally produces a novel phenotype specific to the molecular karyotype. Few techniques are currently available for detecting the molecular karyotypes of aneuploids in plants. Methods: By PCR amplification of 209 pairs of SSR primers, 17 pairs of SSR primers with no polymorphism and stable amplification in 23 different ploidy loquat were screened out. Seventeen SSR markers combined with qPCR for detection of aneuploid loquat H39 (2n=2x+5=39) karyotype variation. To verify the method for detection of aneuploid karyotype variation, 9 hybrid offspring of Q24 × ‘Huabai No. 1’ and 16 open-pollination progeny of the triploid loquat A313 and A322 were obtained, and we detected their chromosome numbers using conventional cytological methods. The SSR-qPCR method was used to detect the molecular karyotypes of aneuploids in the 9 hybrid offspring of Q24 × ‘Huabai No. 1’ and 16 open-pollination progeny of the triploid loquat A313 and A322. Results: Based on this imbalance in chromosome dosage, a new approach (referred to as ‘SSR-qPCR’) combining simple sequence repeat (SSR) markers and quantitative real-time PCR (qPCR) has been developed and utilized to detect some common aneuploids irrespective of heterozygosity. We screened 17 specific SSR markers covering all loquat linkage groups and redesigned 6 pairs of primers for SSR markers that can detect loquat chromosome aneuploidies. The SSR-qPCR detection results obtained for hybrid progeny and open-pollination progeny of triploid loquat showed diagnostic accuracies of 88.9% and 62.5%, respectively, compared with the chromosome preparation results. Limitations: Loquat genome sequences have not been published, available SSR markers are currently limited. Conclusion: SSR-qPCR can detect loquat aneuploids and be used to construct the entire molecular karyotypes of aneuploid individuals. Therefore, this method offers a novel alternative for the detection of chromosome aneuploidies.
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2025-03-19 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 通过对南酸枣(Choerospondias axillaris)雌雄转录组特征分析及SSR 标记开发，为 其遗传评价和性别分子辅助育种提供理论支撑和科学依据。该文主要分析南酸枣转录组雌雄 表达差异，SSR 位点的分布及序列特征，在此基础上开展SSR 位点挖掘，并进行SSR 引物 的开发和有效性验证。结果表明：（1）南酸枣转录组测序共获得40 341 条Unigenes，总长 度、N50、平均长度和GC 含量分别为52 806 369 bp、2 409 bp、1 309 bp 和38.75%。共筛 选到1 949 个雌雄差异表达基因，其中雄株比雌株显著上调基因有1 052 个，下调基因有897 个。（2）在所有Unigenes 中共检测到5 251 个SSR 位点，619 条Unigenes 序列中含有2 个 及2 个以上位点，SSR 发生频率为11.18%，平均分布距离为10.06 kb。在所有SSR 位点中， 二核苷酸重复所占比例最高(46.95%)，其次为三核苷酸重复(34.27%)。（3）经筛选及有效性 验证共得到20 对SSR 多态性引物，在85 份资源中共检测到80 个等位基因，平均多态性信 息含量(PIC)为0.56。综上认为，南酸枣叶片转录组测序较高，组装效果较好。20 对多态性 引物为后期遗传评价、性别辅助育种及指纹图谱构建提供参考。
分类： 生物学 >> 植物学 提交时间： 2022-12-29 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为开发适当的生物学工具以探索辣椒对水涝胁迫应答的分子机制，该文对不同淹水处理的 辣椒样本进行转录组分析，获得了丰富的序列数据，并在此基础上对 SSR 分子标记进行挖掘。结果 表明：（1）辣椒转录组检测共获得 128 939 条 Unigene，其总全长与均长以及 GC 含量分别是 55 082 725 bp、1 101 bp 和 40.57%。与七大功能数据库进行比较，分别有 102 123（NR：79.20%）、110 157 （NT：85.43%）、70 203（SwissProt：54.45%）、73 539（KOG：57.03%）、77 646（KEGG：60.22%）、 77 442（GO：60.06%）以及 68 216（Pfam：52.91%）个 Unigene 获得功能注释。发现脂质代谢、碳 水化合物代谢、氨基酸代谢、环境适应、次级代谢物生物合成、信号转导和翻译等途径在辣椒水涝 胁迫应答中起重要作用。（2）从辣椒转录组数据中发掘到26 574 个SSR 位点分布在24 889 个Unigene 中。SSR 的出现频率为 20.61%，其中单核苷酸重复所占比例（37.26%）最高，其次是三核苷酸（31.00%） 和二核苷酸（25.44%）重复类型，三者占 EST-SSR 总数的 93.70%。在单核苷酸与二核苷酸中最多 的基序类型为 A/T、AG/CT 和 TC/GA，然后是 AT 和 TA；三核苷酸中最常见的基序类型是 TTG/CAA 和 ACA/TGT。（3）用 Primer 3 设计了 EST-SSR 引物 10 002 对，随机选择 30 对引物进行 PCR 扩增， 均可获得有效扩增。通过 3 份辣椒材料进行扩增，其中 7 对引物可以扩增出目标条带。综上所述， 在辣椒中优势 SSR 重复类型的基序结构和其他品种基本相近，并初步探索了辣椒水涝胁迫应答的分 子机制，开发了 EST-SSR 标记，为辣椒耐涝遗传育种提供参考。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2021-07-20 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 香合欢是我国南方特有的珍贵用材树种，对其种质资源开展群体遗传学研究，对于该 树种种质资源的保护利用具有重要意义。该文根据香合欢转录组测序结果设计开发EST-SSR 引物，并在黄豆树、南洋楹、黑木相思、格木等近缘树种中进行通用性分析研究。结果表明：所开发的243 对引物有171 对能够成功扩增出目的条带，在香合欢、黄豆树、南洋楹、黑木相思、格木中的有效扩增率分别为63.79%、33.75%、45.68%、41.56%、14.81%；多态性比率分别为23.87%、12.20%、9.01%、3.96%、2.78%；5 个物种间均通用的引物有18 对。通 过验证共获得香合欢SSR 多态性标记37 个，黄豆树和南洋楹多态性标记均为10 个，黑木 相思多态性标记4 个，格木多态性标记1 个。所开发的香合欢EST-SSR 标记，可以满足开 展香合欢群体遗传学相关研究的需要，并在黄豆树、南洋楹等近缘树种中具有较好的通用性 和研究实用性。综上结果表明，EST-SSR 标记将为香合欢、黄豆树、南洋楹、黑木相思、格 木等树种的种质资源遗传多样性评价、育种材料指纹图谱构建、群体交配系统分析等方面提 供可靠研究工具。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2020-08-02 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 印度血桐与中平树是大戟科血桐属植物，该属植物具有多种药用价值，被广泛应用于民间医学中许多疾病的治疗，这两种植物种子中含有的神经酸也引起了研究者的高度关注。为确定适合印度血桐与中平树的全基因组测序研究策略。本实验采用二代高通量测序技术，结合生物信息学的方法首次测定了印度血桐与中平树的基因组大小、杂合率、重复率等基因组信息；初步分析了两种材料的
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2022-06-07 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 大粒香作为贵州重要的优质稻资源，推广种植面积大，且在乡村振兴过程中为社会带 来了较高的经济效益，但目前对大粒香基因组学理论研究报道不多。为了揭示大粒香水稻叶 绿体基因组特征及系统发育关系，该文对大粒香叶绿体进行测序，分析其基因组特征。结果 表明：（1）大粒香水稻 cpDNA 全长 134 563 bp，包括一个 LSC（80 864 bp），一个 SSC （12 347 bp）和两个 IRs（20 676 bp）。（2）注释到 129 个基因，可分为蛋白编码、tRNA 和 rRNA 三类基因，数量分别为 85 个、36 个和 8 个。（3）密码子偏好分析显示，大粒香 cpDNA 密码子偏好 A 碱基或者 U（T）碱基，亮氨酸密码子使用了 1 944 次，最多；半胱氨 酸的密码子仅使用 198 次，最少。（4）检测到 129 个 SSR，其中有 95 个单核苷酸重复，且 大部分 SSR 序列由 A/T 碱基组成。（5）系统发育分析结果表明，大粒香与热带粳稻亲缘关 系最近聚为一类。该研究揭示了大粒香叶绿体基因组信息，并确定了大粒香系统发育所属分 支。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2024-10-25 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 该研究以16 种樱属植物为研究材料，利用EST-SSR 分子标记技术对其进行聚类分析，旨在为钟花 樱及其近缘种的物种分类、物种资源保护、砧木选择和杂交亲本选择提供分子水平的依据和技术支持。结果 表明：（1）遗传多样性分析发现17 对EST-SSR 引物共检测出98 个等位基因，每对引物平均5.76 个等位 基因，有效等位基因（Ne）为1.16 ~ 7.64 个，平均值为3.22 个； 观察杂合度（Ho）为0.04 ~ 0.54，平均值 为0.28；期望杂合度（He）为0.58 ~ 0.92，平均值为0.77；Shannon’s 指数（I）为1.38 ~ 2.65，平均值为2.14； 多态信息含量（PIC）为0.62 ~ 0.92，平均值为0.78。（2）聚类分析结果发现除了野生早樱和黑樱桃之外， 其余14 个物种亲缘关系密切，聚为一大类（遗传相似系数Gs 介于0.653 1～0.918 4），其中，钟花樱和高盆 樱之间的亲缘关系最高（Gs=0.918 4），钟花樱和野生早樱之间的亲缘关系最低（Gs=0.775 5），因此，建议 使用亲缘关系较远的野生早樱和黑樱桃与钟花樱进行杂交实验。（3）在我国南方的生产实践中，已出现以华 中樱为砧木、以钟花樱为接穗嫁接的高接苗。因此，从理论上讲，与钟花樱的亲缘关系较近的华中樱、山樱、 散毛樱和浙闽樱等也可以作为砧木，但还应考虑砧木的抗性、长势、繁殖和寿命等。通过嫁接实验得知，华 中樱和山樱作为砧木嫁接钟花樱成活率最高（≥80%），与分子实验基本一致，比较适合作为嫁接钟花樱的 砧木。该研究结果为钟花樱的选育、繁殖、保护和利用以及樱属之间的物种分类提供了分子依据。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2024-08-08 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 对于建园无性系较少或缺株较多的种子园增补无性系是种子园科学管理的重要措 施。该研究以南宁市林科所湿地松无性系种子园为研究对象，分析增补无性系对该园遗传 多样性的影响作用，以期为种子园科学管理提供参考建议。采用16 对SSR 标记对该园增 补无性系前后的遗传多样性变化进行分析，并通过构建指纹图谱和遗传聚类分析解析建园 材料的遗传特异性与近缘性。结果表明：（1）通过将该无性系由18 个增补至50 个，遗传 位点多态信息含量提高了2.24%、平均等位基因数提高了14.29%、平均有效等位基因数提 高了1.19%、Shannon 指数提高了3.84%。（2）采用11 对SSR 标记即可鉴定全部50 个建 园无性系，并以此构建50 份湿地松无性系的指纹图谱。（3）50 个无性系间遗传距离为 0.018~0.670，UPGMA 聚类图以0.251 为阈值，可将50 个无性系分为7 组。基于上述研究 结果可得出以下结论：补充无性系可以提高湿地松种子园遗传多样性，但提升幅度有限； 通过构建指纹图谱可为湿地松优良无性系鉴定及种子园子代亲本分析提供可靠工具；建园 无性系遗传聚类结果可为湿地松杂交试验的亲本选配提供参考依据，能够有效避免近交发 生。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2024-02-07 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 浙江红花油茶(Camellia chekiangoleosa)种仁含油率和油酸含量高，广宁红花油茶 (Camellia semiserrata) 具有较强的生长势和抗性。为了利用浙江红花油茶和广宁红花油茶的 优点，培育优良种质材料，该文对浙江红花油茶与广宁红花油茶的45 个F1 杂交子代进行表 型性状分析，以掌握杂交子代的表型性状情况，同时利用SSR 标记对其进行杂种真伪鉴定， 并筛选可用于油茶杂交子代鉴定的SSR 标记。结果表明：（1）浙江红花油茶×广宁红花油 茶的F1 子代表现为树形高大、生长迅速，且其叶脉、萼片、柱头均倾向于父本广宁红花油 茶的性状，而花和叶片形态等性状与母本浙江红花油茶接近，叶片颜色与大小等特征介于双 亲特征之间。（2）从32 个SSR 标记中筛选出了8 个可区分双亲且能明确子代来源的完全 互补型标记，用于开展杂交子代鉴定，其中7 个标记的杂种鉴定率高达100%，1 个标记杂 种鉴定率为55.56%；8 个标记相互补充鉴定出45 个杂交子代全是真杂种。（3）将8 个SSR 标记对杂交子代进行鉴定能力验证，表明利用这些SSR 标记鉴定油茶杂交子代真实性是可 行的。该研究为油茶物种间的杂交育种提供参考，同时也为后续油茶物种间的杂交子代SSR 标记鉴定提供依据。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2022-07-05 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 枫香是广西重要的乡土树种之一，有着较高的用材、观赏及药用价值，该文基于枫香转录组测 序结果进行 EST-SSR 引物开发，可为枫香群体遗传学研究的开展提供有效、可靠的分子标记工具，对于 该树种的保护、开发和利用有着重要的意义。研究基于转录组测序技术，检测枫香 SSR 位点并设计引物， 通过 PCR 扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选出具有较高多态性的枫香 EST-SSR 引物，并通过对 1 个枫香天 然群体进行遗传多样性分析验证这些 SSR 引物实际应用效果。结果表明：（1）基于转录组测序得到的枫 香 SSR Unigene 中共发掘到 23 777 个 SSR 位点，单核苷酸重复类型 SSR 位点占总位点比例最高 （46.54%）。重复次数上，5~12 次之间的 SSR 位点占比最高（72.36%）。（2）共开发出 262 对 SSR 引 物，有效扩增率为 53.1%，最终筛选出扩增稳定、条带清晰的引物 18 对。（3）多态性检测结果表明，所 有位点均具有多态性；天然群体遗传多样性结果显示，该天然群体中等位基因数量（Na）、有效等位基 因数量（Ne）、Shonnon 信息指数（I）、观察杂合度（Ho）变化范围分别为 2~4、1.112 8~2.609 6、 0.208 9~1.112 7 和 0.275 9~1.000 0，平均值分别为 2.333 3、1.957 4、0.708 5 和 0.722 6。综上所述，在枫 香中占优势的 SSR 位点重复类型和重复基序与其他物种基本相同；本研究所开发的 18 对枫香 EST-SSR 引物可以满足开展枫香群体遗传学研究的需要，为后续枫香种群遗传多样性研究提供了丰富的标记引物。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2024-03-26 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为探究山东银莲花在全光照的山顶灌丛和阴暗的针阔混交林下两种不同生境中的生态适应机制， 并开发其EST-SSR 分子标记，该研究利用Illumina 高通量测序技术对开花期的山东银莲花叶片进行转 录组测序，获取其功能注释和差异表达基因。结果表明：（1）转录组测序共得到53 536 条Unigenes 序 列，其中27 448 条成功获得注释。（2）差异表达基因5 635 个，1 600 个在山顶灌丛的山东银莲花中上 调表达，其余4 035 个下调表达。有2 460 个差异表达基因注释到GO 数据库2 533 个三级条目中，1 051 个差异表达基因注释到KEGG 数据库的113 条代谢通路中。（3）山东银莲花适应于异质生境的代 谢通路主要涉及光合作用-天线蛋白通路和类黄酮生物合成通路，光合作用-天线蛋白通路中lhca5 基因 上调表达，lhca1-3 基因下调表达，类黄酮生物合成通路中chs、c4h、f3’h、f3h、fls、ans、chi、 ccoaomt 和hct 基因均上调表达。（4）从山东银莲花转录组数据中共搜索获得7 146 个SSR 位点分布于 6 006 条Unigenes 序列中，共计106 种重复基序，优势重复基序为单核苷酸重复。设计合成100 对ESTSSR 引物中共有68 对引物具有有效性，其中11 对具有多态性，共扩增24 个多态性片段。该研究结果 有助于更深入地理解山东银莲花在不同生境中的适应性调节机制，并首次开发其EST-SSR 分子标记填 补该方面的空白，为该生物的保护和利用提供了重要的分子标记资源。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2023-12-26 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为探究山东银莲花在全光照的山顶灌丛和阴暗的针阔混交林下两种不同生境中的生态适应机制， 并开发其EST-SSR 分子标记，该研究利用Illumina 高通量测序技术对开花期的山东银莲花叶片进行转 录组测序，获取其功能注释和差异表达基因。结果表明：（1）转录组测序共得到53 536 条Unigenes 序 列，其中27 448 条成功获得注释。（2）差异表达基因5 635 个，1 600 个在山顶灌丛的山东银莲花中上 调表达，其余4 035 个下调表达。有2 460 个差异表达基因注释到GO 数据库2 533 个三级条目中，1 051 个差异表达基因注释到KEGG 数据库的113 条代谢通路中。（3）山东银莲花适应于异质生境的代 谢通路主要涉及光合作用-天线蛋白通路和类黄酮生物合成通路，光合作用-天线蛋白通路中lhca5 基因 上调表达，lhca1-3 基因下调表达，类黄酮生物合成通路中chs、c4h、f3’h、f3h、fls、ans、chi、 ccoaomt 和hct 基因均上调表达。（4）从山东银莲花转录组数据中共搜索获得7 146 个SSR 位点分布于 6 006 条Unigenes 序列中，共计106 种重复基序，优势重复基序为单核苷酸重复。设计合成100 对ESTSSR 引物中共有68 对引物具有有效性，其中11 对具有多态性，共扩增24 个多态性片段。该研究结果 有助于更深入地理解山东银莲花在不同生境中的适应性调节机制，并首次开发其EST-SSR 分子标记填 补该方面的空白，为该生物的保护和利用提供了重要的分子标记资源。
分类： 生物学 >> 植物学 提交时间： 2022-10-27 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 猴樟（Cinnamomum bodinieri）枝叶含有丰富的精油，是重要的园林绿化树种和经济树种， 但目前有关猴樟基因组学的研究报道不多。为揭示猴樟叶绿体基因组特征及系统发育关系，该文基 于高通量测序平台进行测序，从头组装了完整的猴樟叶绿体基因组，并对其基因组结构、基因构成 及序列重复、密码子使用偏好性进行分析，结合樟亚科主要属物种叶绿体基因组数据构建系统发育 树。结果表明：（1）猴樟叶绿体基因组全长 152 727 bp，包括一对 20 132 bp 的反向重复序列（IRs） 区、93 605 bp 的大单拷贝（LSC）区和 18 858 bp 的小单拷贝（SSC）区，总 GC 含量为 39.13%。（2） 该基因组共编码 127 个基因，包括 83 个蛋白质编码基因（PCGs）、36 个转运 RNA 基因（tRNAs） 和 8 个核糖体 RNA 基因（rRNAs）；共鉴定出 92 个 SSR 位点，其中大部分是 A/T 组成的单核苷酸 重复序列；密码子适应指数（CAI）为 0.166，有效密码子数（ENc）为 54.68；猴樟与近缘种的叶绿 体基因组主要在 IR 区和两个 SC 区边界上存在一定的差异。（3）24 种樟亚科植物的系统发育树显 示，猴樟与樟树亲缘关系最近，同时支持了樟属-甜樟属分支(Cinnamomum-Ocotea Clade)、月桂属- 新木姜子属分支(Laurus-Neolitsea Clade)、润楠属-鳄梨属分支(Machilus-Persea Clade)的建立。该研究 丰富了猴樟遗传资源信息，进一步确定了樟亚科主要属的系统发育地位。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2022-06-07 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 蓖麻根腐病是茄腐镰孢菌（Fusarium solani）引起的根部病害，严重威胁蓖麻产量。 由于缺乏抗源，制约了抗病品种的选育。为寻找抗病种质、建立抗性分子标记，本研究对 252 份材料的抗性进行了表型和分子标记鉴定。结果表明：（1）浓度为 1×106 个∙mL-1 的孢子 悬浮液灌根是一种有效的接种方法；以接种后枯萎天数为基础的 5 级评价法，可作为鉴定标 准。（2）鉴定出了 130 份抗病材料，其中高抗的 105 份。（3）野生材料中抗病材料比例（66%） 远高于栽培材料（35%），建议将野生材料，尤其是中国华南野生材料的研究利用作为今后 抗病育种的重要方向。（4）初步建立了 8 个与抗性关联的 SSR 标记。该结果提供了有效的 根腐病抗性鉴定方法和评价标准，筛选出了一批育种迫切需要的抗病基因资源，初步建立了 可用于辅助选择的 SSR 标记，为蓖麻抗根腐病育种奠定了重要基础。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2021-05-27 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 大明松是分布在广西、贵州特有的高山松类，具有很高的经济价值和生态价值，其自然种群长期没有得到充分的保护和利用，不利于该树种长期稳定发展。为了合理保护和开发 利用大明松天然遗传资源，该文利用 12 个 SSR 分子标记对大明松 3 个天然群体进行遗传多样性研究，分析其群体间的遗传分化和基因流，为该物种的保护策略提供参考。研究结果表 明：12 对引物共检测到 37 个等位基因，多态位点百分率为 100%，每个位点平均观察等位基因数（Na）为 3.08，平均有效等位基因数（Ne）为 1.68, 不同位点间有效等位基因数差异较大。每个位点平均观察杂合度（Ho）为 0.35，平均期望杂合度（He）为 0.40，平均多态信息含量（PIC）为 0.31。3 个群体的 Shannon’s 多样性指数变化范围为 0.48~0.65，Nei’s基因多样度的变化范围为 0.27～0.39，与其它近缘种松类相比遗传多样性偏低。群体平均观察杂合度为 0.40，平均期望杂合度为 0.33，平均有效等位基因数为 1.58。群体间基因分化系数（Gst）为 0.10，群体间的遗传分化水平较低，大部分变异均存在群体内。群体间的基因流（Nm）为 2.74，说明大明松群体间的基因交流比较充分。该研究可为大明松生物多样性保护提供重要参考依据，为科学利用大明松资源打下基础。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2024-09-22 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 淡黄金花茶（Camellia flavida）是分布于广西西南部的国家二级保护植物，具有重 要的观赏价值。了解珍稀濒危物种的遗传多样性和遗传结构，可为其种质资源的保护和管 理提供理论依据。该研究基于14 对微卫星（SSR）引物对已知分布区内的12 个淡黄金花 茶自然种群进行了遗传多样性和遗传结构分析。结果表明：（1）14 对引物共检测到63 个 等位基因；SSR 位点的平均多态信息含量（PIC）为0.691，显示出高度遗传多态性。（2） 12 个种群的平均等位基因（Na）为4.476，平均有效等位基因（Ne）为2.720，平均观测 杂合度（Ho）为0.590，平均期望杂合度（He）为0.575，而种群间遗传分化系数（FST） 为0.212。（3）AMOVA 分析结果表明种群间的分子变异为21.19%（P< 0.05），种群间存 在高水平的遗传分化，该结果得到了STRUCTURE 分析和UPGMA 分析的支持。（4） Mantel test 结果表明种群间的遗传距离与地理距离存在显著正相关（R2 = 0.177，P< 0.05）。 以上结果表明了淡黄金花茶群体维持着一定水平的遗传多样性，而且种群间存在高水平的 遗传分化。基于该结果，建议尽可能多的保护淡黄金花茶自然种群，并加强夏石种群的保 护。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2020-03-06 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 披碱草属（Elymus L.）是禾本科（Poaceae）小麦族（Triticeae）中的一个多年生属，该属在青藏高原地区有广泛分布，多数物种是草原和草甸的组成成分，许多种类为品质优良的牧草。垂穗披碱草（E. nutans）和达乌力披碱草（E. dahuricus）同为禾本科小麦族披碱草属异源六倍体物种，染色体组组成皆为StYH。为探究垂穗披碱草遗传多样性形成的内在机制，本研究利用微卫星（SSR）分子标记，对采自青藏高原地区同域分布的垂穗披碱草和达乌力披碱草两个居群共58 个个体进行遗传多样性和遗传结构分析，结果表明：8 对引物在垂穗披碱草和达乌力披碱草扩增条带分别为163 条和124 条，多态性位点百分率（PPB）分别为89.71%和76.07%，多态性信息含量（PIC）分别介于0.583~0.929 和0.524~0.830 之间。垂穗披碱草遗传多样性（He=0.69，I=1.34，Pp=100%）高于达乌力披碱草（He=0.53，I=0.80，Pp=93.75%），同域分布的垂穗披碱草和达乌力披碱草居群，垂穗披碱草呈现出更高的遗传多样性。AMOVA 分子变异显示两个物种居群内遗传变异分别80.92%和63.62%，而居群间遗传分化水平较低。遗传结构分析揭示两个物种间有基因流存在。综合分析结果认为该地区种间杂交基因渗透引起的种内遗传分化在这两个物种多样性形成中可能起着重要的作用。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2019-03-14 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为了明确广西野生茶树种质资源的遗传背景，从而为广西野生茶树种质资源科学保护和合理利用提供理论依据。从广西宁明县、金秀县、苍梧县收集到14份地方野生茶树种质资源，以17个国家级茶树良种作参照，采用EST-SSR分子标记技术，研究广西这三个地方野生茶树与国家级茶树良种间的亲缘关系及广西地方茶树自身遗传多样性。实验结果显示：15对EST-SSR引物共检测到68个等位基因，平均每个引物可扩增出4.53个，其中多态性位点为60个，多态性比率达88.2%。平均观测杂合度、平均期望杂合度、平均Shannon信息指数分别为0.42、0.55和0.97。PIC值在0.23-0.74之间，平均为0.52，多态性较好。遗传相似系数在0.53-0.9之间，平均值为0.71，31份供试材料在遗传相似系数为0.71分为5组群，76%参照品种聚在A组群，而广西本地的野生茶树资源则主要分布在B、C、D、E组群。利用该研究中的四对核心引物即可将31份供试材料全部区分开，挑选其中10个多态性较好的等位位点进行编码，构建31份供试种质的DNA分子指纹图谱。研究表明广西野生茶树资源与国家级茶树良种间遗传差异较大，亲缘关系较远，遗传基础宽，多样性非常丰富，可作为茶树育种的亲本或开展茶树功能基因研究的材料。
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