分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2020-08-02 合作期刊: 《广西植物》
摘要： WRKY 转录因子是植物信号网络中不可缺少的部分，作为植物中最大的转录因子家族之一，在植物的多种应激反应中发挥重要作用。利用生物信息学方法对中粒咖啡WRKY 蛋白家族的理化特性及其分子进化进行了详细的分析。结果表明：CcWRKY 蛋白氨基酸数量在103~994个之间，均无信号肽，推测其为非分泌性蛋白。其二级结构以无规则卷曲为最主要的结构元件，三级结构主要分为6 类，其中以CcWRKY61、CcWRKY72、CcWRKY6 和CcWRKY7 为主要成员的D 类结构最稳定。保守结构域及进化树分析表明中粒咖啡WRKY 基因家族含有49 个成员，其中的10 个成员归为WRKY 第Ⅰ家族，34 个成员归为WRKY 第Ⅱ家族，5 个成员归为WRKY 第Ⅲ家族。中粒咖啡WRKY1 基因与其他物种的系统进化分析结果表明其WRKY1 与烟草亲缘关系最近，与非洲油棕(Elaeis guineensis)亲缘关系最远，说明WRKY1 蛋白在生物进化过程中还是比较保守的。该文研究结果可以为中粒咖啡WRKY 基因家族的分子功能的深层次研究提供一定的借鉴作用，对进一步探究中粒咖啡WRKY 基因的功能、进化以及分子育种具有重要的现实意义。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2020-05-28 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 本研究对原始小球藻AP2基因家族的蛋白成员进行了详细的生物信息学预测和分析，为进一步研究原始小球藻AP2转录因子的功能提供一定的参考依据。利用PrtoParam、Pfam 3.20、Protscale等在线工具分析原始小球藻AP2家族所包含的8个蛋白成员。结果表明：该家族成员含有的氨基酸数为247 (XP_011395646.1)到715 (XP_011401904.1)，理论等电点最大为9.39 (XP_011396011.1)、最小为5.81 (XP_011398158.1)；家族中各个成员所含有的保守结构域的位置和数量都各不相同；所有蛋白成员均无信号肽，均不包含跨膜螺旋，不具有跨膜区域；蛋白成员中最大亲水性值为-3.222 (XP_011398158.1)，最大疏水性值为2.333 (XP_011401904.1)，且所有成员的平均亲疏水性值均小于0；成员中有多个磷酸化位点值远超标准值0.5，最大磷酸化位点值为0.998；该基因家族的蛋白成员二级结构的组分含量从大到小排序均为无规则卷曲>α-螺旋>延伸链>β-转角，推测α-螺旋和无规则卷曲是其二级结构的主要方式，延伸链和β-转角则分散在所有蛋白成员的氨基酸链中；所有成员的三级结构分析中均能观察到α-螺旋、β-折叠、β-转角以及N端和C端；系统进化分析结果表明，在其余15个物种中，与原始小球藻亲缘关系最远的是金牛介球菌(Ostreococcus tauri)，亲缘关系最为接近的是小球藻(Chlorella variabilis NC64A)和螺旋孢子虫(Helicosporidium)，较为接近的是苦参3号(Picochlorum sp. SENEW3)。该研究较系统地分析了原始小球藻AP2蛋白家族的理化特性、保守基序及系统进化关系，为进一步研究原始小球藻AP2转录因子功能和互作关系提供一定的参考依据。
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