分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2023-12-24 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 弄清蛇足石杉COBRA 基因家族成员分子生物信息学特征及组织表达规律，为 COBRA 基因进一步研究提供依据。基于蛇足石杉的全长转录组数据，通过生物信息学技术 对该家族成员（HsCOBRAs）的理化性质、结构域、保守基序、顺式作用元件、基因表达量 等进行分析。结果表明：（1）在蛇足石杉全长转录组中共筛选出24 个HsCOBRAs 家族成 员，其中酸性蛋白9 个，稳定蛋白11 个，疏水性蛋白5 个，具有跨膜结构的蛋白7 个，具 有信号肽的蛋白3 个。（2）亚细胞定位在细胞壁、叶绿体、细胞核、细胞膜上。（3）结构 分析发现HsCOBRAs 有7 种结构域和6 种保守基序，部分成员具有高度保守的CCVS 结构。 （4）HsCOBRAs 具有CAAT-box、TATA-box 等46 种顺式作用元件。（5）HsCOBRA2 在叶、 孢子、茎、芽胞中的表达量均最高。蛇足石杉COBRA 基因家族分子生物信息学及表达特征 可为HsCOBRAs 的进一步研究及生物学功能验证等提供理论依据。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2020-03-24 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 研究牛大力淀粉酶基因家族的生物活性，为牛大力生长发育规律的揭示及根膨大的相关基因的筛选奠定基础。该文基于不膨大和膨大的牛大力根的转录组测序结果，采用生物信息学技术对筛选到的28 个牛大力淀粉酶基因进行分析。28 个牛大力淀粉酶相关蛋白基因编码的氨基酸序列分子量从20.78 KDa到349.39 KDa不等；均为酸性蛋白；亚细胞定位部分在叶绿体；具有PLN02784 super family、AmyAc-family super family结构域；二级结构中除MsAm1, 7, 8, 15, 16, 22, 23, 28中α螺旋占比最大外，无规则卷曲的比例最大；三级结构预测具有α淀粉酶结构、β淀粉酶结构、异淀粉酶结构等；淀粉酶基因家族共有86 个作用元件，MsAm9的作用元件最多（42 个）；系统发育树表明MsAm15,16归于1 类，且均具有motif 2, motif 3, motif 7, MsAm4, 24, 26归于1 类，与拟南芥淀粉酶进行比对，AtBM4和MsAM6归为一类，AtAM2和MsAM2归为一类，AtBM8和MsAM5归为一类，AtBM4和MsAM6归为一类，AtAM10和MsAM22归为一类，AtIM3和MsAM17归为一类。这些分析结果可为今后深入研究28 个牛大力淀粉酶的生物学功能和调控机制提供一定的理论依据，为牛大力根部膨大的研究及品种的改良提供参考。
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