牛大力淀粉酶基因家族的生物信息学分析

分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2020-03-24 合作期刊: 《广西植物》

涂冬萍 王柳萍 赵立春 黄志其 翟勇进 白隆华 莫长明

摘要： 研究牛大力淀粉酶基因家族的生物活性，为牛大力生长发育规律的揭示及根膨大的相关基因的筛选奠定基础。该文基于不膨大和膨大的牛大力根的转录组测序结果，采用生物信息学技术对筛选到的28 个牛大力淀粉酶基因进行分析。28 个牛大力淀粉酶相关蛋白基因编码的氨基酸序列分子量从20.78 KDa到349.39 KDa不等；均为酸性蛋白；亚细胞定位部分在叶绿体；具有PLN02784 super family、AmyAc-family super family结构域；二级结构中除MsAm1, 7, 8, 15, 16, 22, 23, 28中α螺旋占比最大外，无规则卷曲的比例最大；三级结构预测具有α淀粉酶结构、β淀粉酶结构、异淀粉酶结构等；淀粉酶基因家族共有86 个作用元件，MsAm9的作用元件最多（42 个）；系统发育树表明MsAm15,16归于1 类，且均具有motif 2, motif 3, motif 7, MsAm4, 24, 26归于1 类，与拟南芥淀粉酶进行比对，AtBM4和MsAM6归为一类，AtAM2和MsAM2归为一类，AtBM8和MsAM5归为一类，AtBM4和MsAM6归为一类，AtAM10和MsAM22归为一类，AtIM3和MsAM17归为一类。这些分析结果可为今后深入研究28 个牛大力淀粉酶的生物学功能和调控机制提供一定的理论依据，为牛大力根部膨大的研究及品种的改良提供参考。

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