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Your conditions: 尹彦棚(1)

1. chinaXiv:202005.00073 [pdf]

基于Pacbio第三代测序技术的厚朴基因组测序分析

尹彦棚; ?丁乔娇; ?罗加伟; ?林新娜; ?张敏; ?彭成; ?高继海
Subjects: Biology >> Botany >> Applied botany

厚朴为著名的传统药用植物,归于木兰科、木兰属,于我国广泛种植,其树皮、根皮、枝皮、叶片、花、果实均能入药或食用。为获取厚朴全基因组序列信息,以厚朴叶片DNA为材料,该文采用Pacbio Sequel第三代测序技术构建厚朴全基因组数据库,并利用生物信息学方法对获得的核苷酸序列进行组装、功能注释以及进化分析研究。结果表明:原始测序数据过滤后获得140.91 Gb三代数据,Read N50约为13 784 bp,经过组装得到厚朴基因组大小为1.68 Gb,Contig N50约为222 069 bp,单拷贝基因完整性为78.05 %。组装后的序列通过与NR、KOG、KEGG等功能数据库比对,共有98.40 %的基因得到了功能注释,其中KOG功能注释结果发现厚朴的蛋白功能主要集中在一般功能预测、翻译后修饰、蛋白质转换、伴侣以及信号转导机制;GO功能分类表明厚朴的基因集中在细胞组分及生物学过程;KEGG分析发现厚朴参与代谢通路的基因占主要地位。通过与葡萄、拟南芥、水稻、杨树、银杏、无油樟、茶树及牛樟基因组的比对分析,发现厚朴23 424个基因中有20 801个基因可以分类到12 129个家族,其中有515个基因家族是厚朴所特有的,而厚朴与牛樟(樟科)亲缘关系较近,两者的分化时间约在122.5百万年前(mya)。该研究首次利用第三代测序技术对厚朴全基因组解析,有利于对其进一步进行深入的开发与利用,也为研究其它药用植物全基因组奠定了基础。

submitted time 2020-05-28 From cooperative journals:《广西植物》 Hits389Downloads312 Comment 0

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