杜仲基因密码子使用模式分析

分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2020-03-06 合作期刊: 《广西植物》

王艳 赵懿琛 赵德刚

摘要： 为了解杜仲基因密码子使用模式，以杜仲基因组密码子为研究对象，运用CodonW软件对杜仲的320个蛋白编码基因进行同义密码子相对使用频率（RSCU）分析、ENC-GC3S关联分析编码基因的密码子ENC值、PR2-plot偏倚分析编码基因的密码子碱基使用频率。运用CUSP软件与Codon Usage Database软件对杜仲基因密码子的GC含量、使用频率与代表性物种烟草、拟南芥、大肠杆菌和酿酒酵母的密码子GC含量和使用频率进行比较。结果表明：杜仲基因密码子的RSCU>1的密码子有30个，其中18个以G/C结尾、12个以A/U结尾；说明杜仲基因密码子偏好以G/C结尾，且偏好性较强。有效密码子数（ENC)范围为30～60，该范围内的密码子距离标准曲线较近其ENC值小，偏好性较强。PR2-plot偏倚分析碱基使用频率显示G>C、U>A。杜仲与代表性物种的GC含量分析显示杜仲的GC12、GC3以及平均GC含量均高于代表性物种；杜仲与代表性物种的密码子使用频率分析表明杜仲与烟草、酿酒酵母的密码子偏好较为接近，杜仲与拟南芥、大肠杆菌的密码子偏好差距较大。杜仲是我国特有的珍贵中药材对其进行密码子使用模式分析，研究其密码子偏好规律，为杜仲植物基因工程中外源基因的改良及表达提供理论基础。

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