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1. chinaXiv:202002.00009 [pdf]

一种新型冠状病毒肺炎(COVID-19)药物与天然产物快速发现的计算药理学方法

全源; 梁峰吉; 熊江辉
Subjects: Biology >> Virology

新发传染病爆发流行期间,亟需提出候选药物功效与机制的科学假说。疫苗或新药研发均需要一定时间,因而药物重定位(老药新用)策略有其独特价值。但是新发疾病其病原体、宿主反应的临床数据不充分,制约了候选药物假设的提出。此阶段常根据病人临床特征进行广谱抗病毒药物的尝试。本文借鉴人工智能领域常见的启发式搜索思路,提出一种新方法(aCODE),基于前期有一定疗效提示的广谱抗病毒药,获得其宿主靶蛋白集合,在全基因组尺度上搜索与之相关性最高的基因模块组合,进而对候选化合物(如已批准上市药物、天然产物)进行模式匹配与统计检验排序。本方法可根据临床实践的进展更新输入药物,迭代输出更精准结果,输出的天然产物或中药、药食同源成分结合其它信息后可实施快速测试,形成敏捷研发测试闭环。本方法的第二版更新及其与文献证据的比对分析请参考:http://chinaxiv.org/abs/202002.00024。

submitted time 2020-02-21 Hits967Downloads275 Comment 0

2. chinaXiv:202002.00035 [pdf]

一种新型冠状病毒肺炎(COVID-19)药物与天然产物快速发现的计算药理学方法

全源; 梁峰吉; 熊江辉
Subjects: Biology >> Virology

新发传染病爆发流行期间,亟需提出候选药物功效与机制的科学假说。疫苗或新药研发均需要一定时间,因而药物重定位(老药新用)策略有其独特价值。但是新发疾病其病原体、宿主反应的临床数据不充分,制约了候选药物假设的提出。此阶段常根据病人临床特征进行广谱抗病毒药物的尝试。本文借鉴人工智能领域常见的启发式搜索思路,提出一种新方法(aCODE),基于前期有一定疗效提示的广谱抗病毒药,获得其宿主靶蛋白集合,在全基因组尺度上搜索与之相关性最高的基因模块组合,进而对候选化合物(如已批准上市药物、天然产物)进行模式匹配与统计检验排序。本方法可根据临床实践的进展更新输入药物,迭代输出更精准结果,输出的天然产物或中药、药食同源成分结合其它信息后可实施快速测试,形成敏捷研发测试闭环。本方法的第二版更新及其与文献证据的比对分析请参考:http://chinaxiv.org/abs/202002.00024。

submitted time 2020-02-21 Hits40Downloads10 Comment 0

3. chinaXiv:202002.00033 [pdf]

Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using the whole genomic data

Yu, Wen-Bin; Tang, Guang-Da; Zhang, Li; Corlett, Richard T.
Subjects: Biology >> Virology
Subjects: Biology >> Genetics

Background. The outbreak of COVID-19 started in mid-December 2019 in Wuhan, Central China. Up to February 18, 2020, SARS-CoV-2 has infected more than 70,000 people in China, and another 25 countries across five continents. In this study, we used 93 complete genomes of SARS-CoV-2 from the GISAID EpiFluTM database to decode the evolution and human-to-human transmissions of SARS-CoV-2 in the recent two months. Methods. Alignment of coding-regions was conducted haplotype analyses using DnaSP. Substitution sites were analyzed in codon. Evolutionary analysis of haplotypes used NETWORK. Population size changes were estimated using both DnaSP and Arlequin. Expansion date of population size was calculated based on the expansion parameter tau (τ) using the formula t=τ/2u. Findings. Eight coding-regions have 120 substitution sites, including 79 non-synonymous and 40 synonymous substitutions. Forty-two non-synonymous substitutions changed the biochemical property of amino acids. No evident combination was found. Fifty-eight haplotypes were classified as five groups, and 31 haplotypes were found in samples from both China and other countries, respectively. The rooted network suggested H13 and H35 to be ancestral haplotypes, and H1 (and its descendent haplotypes including all samples from the Hua Nan market) was derived H3 haplotype. Population size of SARS-CoV-2 were estimated to have a recent expansion on 6 January 2020, and an early expansion on 8 December 2019. Interpretation. Genomic variations of SARS-CoV-2 are still low in comparisons with published genomes of SARS-CoV and MERS-CoV. Phyloepidemiologic analyses indicated the SARS-CoV-2 source at the Hua Nan market should be imported from other places. The crowded market boosted SARS-CoV-2 rapid circulations in the market and spread it to the whole city in early December 2019. Furthermore, phyloepidemiologic approaches have recovered specific direction of human-to-human transmissions, and the import sources of international infectious cases.

submitted time 2020-02-21 Hits2087Downloads601 Comment 0

4. chinaXiv:202002.00034 [pdf]

病毒核酸提取前的高温灭活过程显著降低可检出病毒核酸模板量.pdf

张沁欣; 赵庆顺
Subjects: Biology >> Molecular Biology

新冠病毒是病毒感染性肺炎(COVID-19)的病原体。然而,新冠病毒核酸临床检出的假阴性率很高。假阴性意味着漏检,不仅会导致疑似患者不能快速确诊,而且会使漏检者成为潜在的病毒传染源。因此,提高新冠病毒核酸检出率十分迫切。目前国家卫健委相关指南要求在提取样本核酸前需将样本置于56℃以上以灭活病毒。这一灭活过程无疑是保护临检人员免受病毒暴露所必需,但也会破坏病毒核酸的完整性,导致部分样品不能被正常检出,成为高假阴性率的原因之一。最近,我们以猪PDEV冠状病毒(疫苗)作为模型研究了高温灭活过程对病毒核酸完整性的影响。结果表明:保存在常用等渗盐溶液Hank’s液中的样品经56℃孵育30分钟后可检出冠状病毒核酸损坏了一半,而以92℃孵育5分钟,则可检出的冠状病毒核酸损失了96%以上。当采用一款市售的R503样品保存液保存PEDV时,经56℃孵育30分钟后病毒核酸可检出量是Hank’s液的3倍,若是92℃孵育5分钟,则可检出量是Hank’s液的42倍。这些结果提示,使用可有效保护样本RNA特别是避免样本RNA在高温灭活时受损的样品保存液,不但可以让临检人员依然能够在高温灭活后使用样品,还有望提高阳性检出率。

submitted time 2020-02-20 Hits964Downloads247 Comment 0

5. chinaXiv:202002.00028 [pdf]

新型冠状病毒(2019-nCoV)时空数据集及其典型应用

林浩; 鲍君雅
Subjects: Survey & Drawing Science and Technology >> Photogrammetry and Remote Sensing
Subjects: Statistics >> Biomedical Statistics

目前,新型冠状病毒(2019-nCoV)疫情正受到全球各科研工作者的广泛关注。然而,当前尚没有一个官方的渠道对2019-nCoV疫情数据进行实时开源,为了促进本次疫情相关的科研工作,本研究旨在为广大科研工作者提供权威的、开放的和多尺度的新型冠状病毒(2019-nCoV)时空数据集,为疫情监测、防控、预测和预警提供重要的数据来源。此外,该数据集还能应用于2019-nCoV疫情的多尺度、多时相制图和可视化,为疫情的空间分布、演化、趋势分析和模拟预测提供指导。

submitted time 2020-02-19 Hits335Downloads146 Comment 0

6. chinaXiv:202002.00021 [pdf]

关于新型冠状病毒感染人数的预测研究

吴宇宸
Subjects: Mathematics >> Mathematics (General)

2019年12月,新型冠状病毒肺炎(NCP,又称2019-nCoV)疫情从武汉开始爆发,几天内迅速传播到全国乃至海外,对我国的工农业生产和人民生活产生了重要影响。科学有效掌控疫情发展对疫情防控至关重要。本文基于中国卫健委及湖北省卫健委每日公布的累计确诊数,采用逻辑斯蒂模型对数据进行了拟合,以期给该疾病的防控治提供科学依据。通过公布的疫情数据,我们反演了模型的参数,进而有效地模拟了目前疫情的发展,并预测了疫情未来的趋势。我们预测,湖北省疫情还要持续至少2周,而在全国其他地区,疫情可望1周左右达到顶峰。

submitted time 2020-02-18 Hits799Downloads282 Comment 0

7. chinaXiv:202002.00024 [pdf]

新冠肺炎(COVID-19)中药天然产物计算筛选与文献证据集成分析

高敏; 朱月星; 熊江辉
Subjects: Medicine, Pharmacy >> Other Disciplines of Medicine and Pharmacology

药物重定位(老药新用)策略在新发传染病中具有独特应用前景。我们前期提出了一种新的药物重定位系统——aCODE,可以基于疾病流行早期有限信息对潜在有效的天然产物进行预测。本文基于计算工具与文献证据,对可能在新冠病毒肺炎(COVID-19)防治中发挥作用的中药天然产物进行理论研究,发现:(1)文献调研共发现56种经过实验验证具有抗冠状病毒活性的天然产物成分,可靶向冠状病毒的结构蛋白和非结构蛋白;(2)将aCODE系统所预测的抗冠状病毒天然产物成分与文献证据对比,发现交集有大黄素、甘草酸、人参皂苷R1、利血平和杨梅素等。大黄素可破坏冠状病毒S蛋白与宿主ACE2相互作用,阻止病毒入侵宿主细胞;同时具有抑制3a蛋白离子通道、阻止病毒释放的作用。甘草酸或其衍生物也是国内相关团队在新冠病毒肺炎治疗研究中重点关注的候选药物,已进入临床试验。(3)针对中药预测结果中大量出现的芳香化合物,aCODE系统增加芳香植物提取物数据源,计算发现氨基肉桂酸、肉桂醛、茴香烯、紫苏醇、芳樟醇、柠檬烯具有潜在的抗病毒效应。提示“芳香避秽”的细胞分子学机理值得进一步深入研究。

submitted time 2020-02-17 Hits543Downloads83 Comment 0

8. chinaXiv:202002.00027 [pdf]

伊马替尼治疗新型冠状病毒肺炎引起的急性呼吸窘迫综合征

李翀
Subjects: Medicine, Pharmacy >> Preclinical Medicine

伊马替尼(Imatinib),酪氨酸激酶抑制剂,是一种小分子蛋白激酶抑制剂,临床用于治疗慢性髓性白血病和恶性胃肠道间质肿瘤。急性呼吸窘迫综合征(ARDS)是肺部的一种炎症过程,以低氧血症为显著特征的临床综合征。越来越多的证据显示,伊马替尼能有效缓解ARDS。

submitted time 2020-02-17 Hits132Downloads65 Comment 0

9. chinaXiv:202002.00025 [pdf]

“别人家的孩子”vs.平庸的自己:社会比较对独特性寻求行为的影响

宫秀双; 张红红
Subjects: Psychology >> Management Psychology

人们在自我评价中普遍存在着优于平均值效应, 而上行社会比较会打破这一自我评价偏差, 引发后续的补偿性消费行为。通过五个实验, 依次论证上行比较(vs.下行比较)会提升个体对于独特产品选项的偏好(实验1); 其心理机制在于上行比较降低而非下行比较提升了个体的自我独特性感知, 从而促使个体出于补偿的目的而寻求独特性(实验2a、2b和2c); 上述效应适用于经济状况这一特定比较维度, 并且在感知经济流动性的调节作用下得到强化或削弱(实验3)。研究结论对于推动社会比较、独特性寻求行为相关领域的理论进展, 指导长尾市场中企业的营销策略、帮助个体缓解上行比较的威胁有着积极的启示价值。

submitted time 2020-02-17 Hits96Downloads41 Comment 0

10. chinaXiv:202002.00028 [pdf]

新型冠状病毒(2019-nCoV)时空数据集及其典型应用

林浩; 鲍君雅
Subjects: Survey & Drawing Science and Technology >> Photogrammetry and Remote Sensing
Subjects: Statistics >> Biomedical Statistics

目前,新型冠状病毒(2019-nCoV)疫情正受到全球各科研工作者的广泛关注。然而,当前尚没有一个官方的渠道对2019-nCoV疫情数据进行实时开源,为了促进本次疫情相关的科研工作,本研究旨在为广大科研工作者提供权威的、开放的和多尺度的新型冠状病毒(2019-nCoV)时空数据集,为疫情监测、防控、预测和预警提供重要的数据来源。此外,该数据集还能应用于2019-nCoV疫情的多尺度、多时相制图和可视化,为疫情的空间分布、演化、趋势分析和模拟预测提供指导。

submitted time 2020-02-17 Hits201Downloads130 Comment 0

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