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1. chinaXiv:202002.00079 [pdf]

基于移动平均预测限预判新型冠状病毒感染疫情趋势与适时风险分级

何豪; 何韵婷; 翟晶; 王筱金; 王炳顺
Subjects: Medicine, Pharmacy >> Preventive Medicine and Hygienics

目的 建立一种数据驱动的实用方法预测突发全新传染性疾病的疫情趋势,通过动态预判疫情风险与分级为防控策略提供量化依据。 方法 在移动平均法的基础上予以改进,提出一种移动平均预测限(Moving Average Prediction Limits, MAPL)方法,采用既往重症急性呼吸综合征(Severe Acute Respiratory Syndrome,SARS)疫情数据验证MAPL方法对疫情趋势和风险预判的实用性。追踪本次新型冠状病毒(COVID-19)感染疫情从2020年1月16日起的官方公布数据,采用MAPL方法预判疫情变动趋势与疫区适时风险分级。 结果 基于MAPL方法分析显示,2020年2月初全国COVID-19感染疫情达到峰值。经过前期积极防控,2月中旬起全国疫情整体呈下降趋势。到2月下旬各地疫情有明显的区域性差异。与湖北地区相比,非湖北地区新增病例数下降速度快且未来疫情加重的风险相对较小。在几个重要的疫情输入省份,新增确诊病例数和可疑病例数的发展趋势一致,但消减速度在各省份间存在差异。 结论 MAPL方法可以辅助判断疫情趋势并适时预判风险分级,各疫情输入区可结合当地实际与疫情风险分级规划落实差异化精准防控策略。

submitted time 2020-02-28 Hits182Downloads52 Comment 0

2. chinaXiv:202002.00074 [pdf]

Molecular karyotypes of loquat (Eriobotrya japonica) aneuploids can be detected by using SSR markers combined with quantitative PCR irrespective of heterozygosity

Wen, Guo; Dang, Jiangbo; Xie, Zhongyi; Wang, Jinying; Jiang, Pengfei; Guo, Qigao; Liang, Guolu
Comment:This article has been published online in Plant Methods
Subjects: Biology >> Botany
Subjects: Agriculture, Forestry,Livestock & Aquatic Products Science >> Horticulture

Background: Aneuploidy, a condition caused by an imbalance between the relative dosages of chromosomes, generally produces a novel phenotype specific to the molecular karyotype. Few techniques are currently available for detecting the molecular karyotypes of aneuploids in plants. Methods: By PCR amplification of 209 pairs of SSR primers, 17 pairs of SSR primers with no polymorphism and stable amplification in 23 different ploidy loquat were screened out. Seventeen SSR markers combined with qPCR for detection of aneuploid loquat H39 (2n=2x+5=39) karyotype variation. To verify the method for detection of aneuploid karyotype variation, 9 hybrid offspring of Q24 × ‘Huabai No. 1’ and 16 open-pollination progeny of the triploid loquat A313 and A322 were obtained, and we detected their chromosome numbers using conventional cytological methods. The SSR-qPCR method was used to detect the molecular karyotypes of aneuploids in the 9 hybrid offspring of Q24 × ‘Huabai No. 1’ and 16 open-pollination progeny of the triploid loquat A313 and A322. Results: Based on this imbalance in chromosome dosage, a new approach (referred to as ‘SSR-qPCR’) combining simple sequence repeat (SSR) markers and quantitative real-time PCR (qPCR) has been developed and utilized to detect some common aneuploids irrespective of heterozygosity. We screened 17 specific SSR markers covering all loquat linkage groups and redesigned 6 pairs of primers for SSR markers that can detect loquat chromosome aneuploidies. The SSR-qPCR detection results obtained for hybrid progeny and open-pollination progeny of triploid loquat showed diagnostic accuracies of 88.9% and 62.5%, respectively, compared with the chromosome preparation results. Limitations: Loquat genome sequences have not been published, available SSR markers are currently limited. Conclusion: SSR-qPCR can detect loquat aneuploids and be used to construct the entire molecular karyotypes of aneuploid individuals. Therefore, this method offers a novel alternative for the detection of chromosome aneuploidies.

submitted time 2020-02-27 Hits71Downloads14 Comment 0

3. chinaXiv:202002.00071 [pdf]

Potential treatment of Chinese and Western Medicine targeting nsp14 of 2019 nCov

Liu Chao ; Zhu Xiaoxiao ; Lu Yiyao ; Jia Xu ; Yang Tai
Subjects: Medicine, Pharmacy >> Pharmacology

2019年12月,自武汉开始我国爆发严重的新型冠状病毒(2019-nCoV)感染疫情,急需开发2019-nCoV治疗药物。冠状病毒非结构蛋白 (Nonstructural protein, NSP) 在病毒基因组复制以及转录过程中起重要作用,在冠状病毒家族中普遍保守,是冠状病毒重要功能蛋白。其中,NSP14蛋白兼具核酸外切酶和甲基转移酶功能,是抗SARS和其他冠状病毒药物研究的重要靶点。序列分析表明, SARS coronavirus (PDB ID: 5nfy) 与武汉华南海鲜批发市场新型冠状病毒分离毒株 (GenBank: MN985325.1)氨基酸序列同源性为98.7%。本研究通过已发表的SARS-NSP14晶体结构 (PDB ID: 5nfy) 进行同源建模,构建2019-nCoV-NSP14的蛋白三维结构模型,对其N端-甲基转移酶以及C端-甲基转移酶结构功能域分别进行虚拟筛选,筛选出了18个对NSP14有抑制活性的化合物。其中沙奎那韦 (Saquinavir)、溴隐亭 (Bromocriptine)、黄芩苷 (Baicalein) 以及金丝桃素 (Hypericin) 能同时作用于NSP14蛋白上述两个重要功能域。该结果提示已知抗HIV药物-Saquinavir以及中药抗病毒重要活性成分-黄芩苷以及金丝桃素,可能以2019-nCoV-NSP14蛋白为靶标,发挥抗病毒效应,可作为抗2019-nCov候选药物进行下一步研究。

submitted time 2020-02-27 Hits594Downloads128 Comment 0

4. chinaXiv:202002.00067 [pdf]

全球化语境下的多元文化能力模型及其在跨文化合作中的应用

施媛媛
Subjects: Psychology >> Management Psychology

全球化带来了丰富的多元文化经验,开阔了人们视野的同时,也造成了认知负担,进而可能引发对外文化群体的抵触情绪和排斥行为。多元文化经验的普遍性和两面性突显了对其进行合理管理和灵活应用的重要性。然而,现有的文化能力的理论大多在全球化研究早期提出,已经无法应对全球化带来的新变化。在文化会聚主义理论框架下,将文化视为动态发展的系统,建构以元知识为核心的多元文化能力模型将有助于深入理解全球化问题。新模型的效用检验计划从文化知识管理和群际接触应对两方面检验多元文化能力在跨文化合作情境中的效用与机制,以期为全球化环境中个人与组织开展跨文化交流与合作的实践提供理论指导。

submitted time 2020-02-25 Hits95Downloads32 Comment 0

5. chinaXiv:202002.00066 [pdf]

新型冠状病毒肺炎疫情的动力学分析和预测

诸葛昌靖; 张东艳; 杨武岳; 彭梁榕; 洪柳
Subjects: Mathematics >> Modeling and Simulation

基于经典动力学模型和模型参数自动优化算法, 本文分析了全国当前累计确诊感染病例数大于100(截止到2020年2月16日)的24个省市自治区, 以及湖北省除神农架以外的16个地市从2020年1月20日至2月16日的累计确诊病例数, 并对相应省市地区疫情可能的结束时间和总感染人数的进行了长期预测. 我们的研究表明, 在目前严防严控措施下, 全国大部分省市的疫情将于2月底前基本结束, 而湖北省内疫情也有望于3月中旬结束, 但是武汉市的疫情可能要持续到4月初. 通过对比公开数据与预测值, 我们建议加强对黑龙江、河北、江西、安徽、贵州和四川六省, 以及湖北省内武汉、荆州、鄂州、随州、天门和恩施六个地市的的监控, 以防疫情死灰复燃. 此外, 分析结果提示, 在疫情发展前期, 天津、河北、重庆、四川、海南和广西等省, 以及湖北省下辖多个地市可能存在着聚集性感染, 这有待于疫后进一步的流行病学调查确认.

submitted time 2020-02-25 Hits828Downloads341 Comment 0

6. chinaXiv:202002.00069 [pdf]

新冠病毒独立自然连续传播系统的建立及简单模型验证

王基庆; 李志国
Subjects: Physics >> Interdisciplinary Physics and Related Areas of Science and Technology

由于春运出湖北省高峰和全国各地管控开始之间的时间差,使得在这个时间段内,除湖北外的国内地区是个输入一代到感染二代之间独立自然连续传播体系。基于此,我们使用正态分布的线性叠加来拟合全国除湖北外每日新增的数据,简单模型预测和实际新增结果的高度吻合验证了除湖北外是个近似理想系统。拟合计算得到的新冠病毒可再生系数R0=2.2,一代到二代的峰值传播时间是7天。我们还讨论了偏离理想传播体系的原因并分析了一些省的特殊情况。

submitted time 2020-02-25 Hits223Downloads76 Comment 0

7. chinaXiv:202002.00075 [pdf]

2019年新型冠状病毒导致的致命肺渗漏的病理生理学机制和防治策略

Chen, Sifeng
Subjects: Medicine, Pharmacy >> Preclinical Medicine

自2019年12月爆发以来,2019年新型冠状病毒已在全球造成2596人死亡,并且有超过11,000名患者仍处于严重状况。该病毒和由该病毒引起的医疗状况被命名为SARS-CoV-2和COVID-19。虽然已经广泛应用了抗病毒、对症和功能支持性疗法,每天仍有100多名患者死于该病毒感染。COVID-19最常见的致命并发症是急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。SARS-CoV-2在世界范围内的大流行可能仍然存在。其它病毒感染引起的肺炎亦可导致ARDS,出现类似的危重情形,这些病毒包括如非典型的急性呼吸系统综合症(SARS)、中东呼吸综合征(MERS)和流感病毒引起的肺炎。因此,制定更有效的降低病毒所致的ARDS死亡率的策略,不但是当前抗新冠疫情的迫切需要,也是全球范围内降低病毒性肺炎死亡率的长期需要。ARDS曾被称为湿肺,血管泄漏导致的肺水肿是其最重要的病理特征之一,重型COVID-19的临床表现和胸部计算机断层扫描图像特征(白肺)符合ARDS。确定水肿液从何处及如何渗漏到肺部,是制定基于机制的预防和阻止水从肺毛细管向肺间质渗漏的策略,降低湿肺死亡率的关键。对于轻度和中度病例,非类固醇消炎药,如用于风湿性关节炎的药物,可能有助于防止和减少这种漏水。免疫抑制剂(如西罗莫司和巨蜥)可能使病毒感染、免疫反应和非免疫炎症造成的损伤高峰时间错开,从而降低肺漏水程度,防止危及生命情况出现。使用清火中草药可能也有抗炎用。对于严重病例,血液透析可能是消除大多数炎症介质和细胞毒性物质的有效策略。

submitted time 2020-02-25 Hits204Downloads34 Comment 0

8. chinaXiv:202002.00009 [pdf]

一种新型冠状病毒肺炎(COVID-19)药物与天然产物快速发现的计算药理学方法

全源; 梁峰吉; 熊江辉
Subjects: Biology >> Virology

新发传染病爆发流行期间,亟需提出候选药物功效与机制的科学假说。疫苗或新药研发均需要一定时间,因而药物重定位(老药新用)策略有其独特价值。但是新发疾病其病原体、宿主反应的临床数据不充分,制约了候选药物假设的提出。此阶段常根据病人临床特征进行广谱抗病毒药物的尝试。本文借鉴人工智能领域常见的启发式搜索思路,提出一种新方法(aCODE),基于前期有一定疗效提示的广谱抗病毒药,获得其宿主靶蛋白集合,在全基因组尺度上搜索与之相关性最高的基因模块组合,进而对候选化合物(如已批准上市药物、天然产物)进行模式匹配与统计检验排序。本方法可根据临床实践的进展更新输入药物,迭代输出更精准结果,输出的天然产物或中药、药食同源成分结合其它信息后可实施快速测试,形成敏捷研发测试闭环。本方法的第二版更新及其与文献证据的比对分析请参考:http://chinaxiv.org/abs/202002.00024。

submitted time 2020-02-21 Hits2679Downloads710 Comment 0

9. chinaXiv:202002.00033 [pdf]

Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using the whole genomic data

Yu, Wen-Bin; Tang, Guang-Da; Zhang, Li; Corlett, Richard T.
Subjects: Biology >> Virology
Subjects: Biology >> Genetics

Background. The outbreak of COVID-19 started in mid-December 2019 in Wuhan, Central China. Up to February 18, 2020, SARS-CoV-2 has infected more than 70,000 people in China, and another 25 countries across five continents. In this study, we used 93 complete genomes of SARS-CoV-2 from the GISAID EpiFluTM database to decode the evolution and human-to-human transmissions of SARS-CoV-2 in the recent two months. Methods. Alignment of coding-regions was conducted haplotype analyses using DnaSP. Substitution sites were analyzed in codon. Evolutionary analysis of haplotypes used NETWORK. Population size changes were estimated using both DnaSP and Arlequin. Expansion date of population size was calculated based on the expansion parameter tau (τ) using the formula t=τ/2u. Findings. Eight coding-regions have 120 substitution sites, including 79 non-synonymous and 40 synonymous substitutions. Forty-two non-synonymous substitutions changed the biochemical property of amino acids. No evident combination was found. Fifty-eight haplotypes were classified as five groups, and 31 haplotypes were found in samples from both China and other countries, respectively. The rooted network suggested H13 and H35 to be ancestral haplotypes, and H1 (and its descendent haplotypes including all samples from the Hua Nan market) was derived H3 haplotype. Population size of SARS-CoV-2 were estimated to have a recent expansion on 6 January 2020, and an early expansion on 8 December 2019. Interpretation. Genomic variations of SARS-CoV-2 are still low in comparisons with published genomes of SARS-CoV and MERS-CoV. Phyloepidemiologic analyses indicated the SARS-CoV-2 source at the Hua Nan market should be imported from other places. The crowded market boosted SARS-CoV-2 rapid circulations in the market and spread it to the whole city in early December 2019. Furthermore, phyloepidemiologic approaches have recovered specific direction of human-to-human transmissions, and the import sources of international infectious cases.

submitted time 2020-02-21 Hits94318Downloads22480 Comment 0

10. chinaXiv:202002.00036 [pdf]

社会行为的效价信息对注意捕获的影响:基于帮助和阻碍行为的探讨

郑旭涛; 郭文姣; 陈满; 金佳; 尹军
Subjects: Psychology >> Cognitive Psychology

采用学习-测验两任务范式,通过三项实验探讨了社会行为的效价信息对注意捕获的影响。在学习阶段,被试观看具有积极效价的帮助行为(某智能体帮助另一智能体爬山)和消极效价的阻碍行为(某智能体阻碍另一智能体爬山),以及与各自运动特性匹配的无社会交互行为,其目的为建立不同智能体颜色与社会行为效价信息的联结关系。在测验阶段,则分别检验社会行为中的施动方(帮助者和阻碍者)颜色和受动方(被帮助者和被阻碍者)颜色的注意捕获效应。结果发现,消极社会行为中施动方颜色和受动方颜色均更容易捕获注意,而积极社会行为效价信息并没有改变联结特征值的注意捕获效应;且相比于受动方,与消极社会行为效价建立联结的施动方颜色的注意捕获效应更强。该结果提示,存在消极社会行为效价驱动的注意捕获,且消极的效价信息与卷入社会行为所有个体的特征建立联结,但该联结中施动方物理特征具有更高的注意优先性。这一发现暗示,声誉信息与对社会交互行为的整体表征可能综合作用于对社会交互事件的注意选择。

submitted time 2020-02-20 Hits226Downloads76 Comment 0

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