分类： 生物学 >> 动物学 提交时间： 2018-12-20 合作期刊: 《动物营养学报》
摘要： 本试验旨在对1只死亡野生川金丝猴的胃肠道菌群多样性及其克隆测序条带的系统进化树进行分析。取死亡野生川金丝猴胃肠道内容物，进行聚合酶链式反应（PCR）-变性梯度凝胶电泳（DGGE）分析，结合条带的克隆测序、聚类分析和主成分（PCA）分析检测菌群多样性并构建系统进化树。结果显示：1）野生川金丝猴整个胃肠道栖息着大量细菌，且来自胃、小肠的样品聚为一大簇，来自大肠的样品聚为一簇，而来自粪便的样品单独聚为一簇。2）从DGGE图谱上共回收18个条带，细菌种类鉴定主要是5个菌门，分别为变形菌门（Proteobacteria，38.89%）、厚壁菌门（Firmicutes，22.22%）、拟杆菌门（Bacteroidetes，5.56%）、放线菌门（Actinobacteria，5.56%）、疣微菌门（Verrucomicrobia，5.56%）和不可培养菌（uncultured bacterium，22.22%）。其中，变形菌门和厚壁菌门分布于整个胃肠道。3）菌群的系统进化树分析表明，仅有1种不可培养菌与已鉴定的粪肠球菌进化分类相似，而其他不可培养菌与已知的菌种进化分支差异较大，说明在野生川金丝猴的胃肠道中仍有大量的菌群信息未被鉴定。结果提示，本试验测定的1只死亡野生川金丝猴的胃肠道优势菌群为变形菌门，菌群多样性随着胃肠道由前至后的顺序呈现高-低-高的趋势。
分类： 生物学 >> 动物学 提交时间： 2017-10-11 合作期刊: 《动物营养学报》
摘要： 本试验旨在研究健康肉鸡回肠的微生物群落结构及功能。采用高通量测序技术对15只鸡的回肠内容物进行测序，按照97%的相似度归类OTUs，去除序列数量少的OTUs（n＜2），然后进行生物信息学分析及PICRUSt基因预测。结果表明：1）共获得424 062条tags，并归类于1 002个非单OTUs，样品平均tags为（28 271±8 855）条，平均OTUs为（261±82）个。2）所有样品共含有20个菌门，160个菌属。其中，共享核心菌门4个，分别是厚壁菌门（85.35%）、变形菌门（6.09%）、蓝细菌门（2.15%）和放线菌门（0.16%）。共享核心菌属19个，占样品总微生物总量的93.75%。3）鸡回肠预测得出328个功能。从前20功能热图可知，各样品的效能存在差异。由此可见，鸡回肠微生物群落复杂，但主要菌群相对稳定。本试验为进一步研究鸡回肠微生物群落结构与功能提供参考依据。
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