甘蔗耐寒相关miRNAs 的生物信息学分析及其靶基因预测

分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2021-07-20 合作期刊: 《广西植物》

朱鹏锦 宋奇琦 谭秦亮 程 琴 李佳慧 庞新华 周全光 吕 平 欧克纬 卢业飞 农泽梅 唐桓伟 龙盛风

摘要： 为了解不同基因型甘蔗(Saccharum officinarum)响应低温胁迫的分子机制，挖掘耐寒相关的 miRNA及相关靶基因，该文以低温胁迫4 ℃处理 24 h 后的3个不同耐寒性甘蔗品种的叶片为材料进行Illumina HiSeqTM2000 高通量测序，构建18 个低温胁迫前后sRNA文库。结果表明（：1）共获得分属于84个家族的已知miRNA 322个及预测得到110个新miRNA，并在已知 miRNAs中筛选出差异表达miRNA100个(61个上调，39个下调)，新miRNA中筛选出差异表达 miRNA37(15个上调, 22 个下调)。（2）利用 psRNATarget、TargetFinder 和Tapirhybrid软件对所获得的差异表达miRNA进行靶基因预测，预测得到1844个靶基因并进行GO 分析揭示了这些靶基因的3个主要功能类别，即分子功能、细胞组分与生物过程。（3）为验证高通量测序数据的可靠性，筛选 14 个miRNA 及其靶基因进行qRT-PCR 验证，表明这些 miRNA 均被检测发现且大部表达结果与测序结果一致。（4）还鉴定出部分差异表达miRNA的靶基因，这些基因参与植物生长、发育及低温胁迫反应。综上结果表明，耐寒型甘蔗体内 miRNA 直接或者间接作用靶基因实现表达调控相关代谢途径，对其重要农艺性状均起着关键的调控作用。

 点击量 1729  下载量 700  评论