降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性分析

分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2019-10-17 合作期刊: 《广西植物》

原晓龙  李云琴 张劲峰 王毅

摘要： 为了解降香黄檀叶绿体基因组密码子使用模式，本研究利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对降香黄檀叶绿体基因组中的52条基因编码序列密码子进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明：降香黄檀叶绿体基因组密码子的3个位置上GC含量依次为GC1 (46.01%) >GC2 (38.98%) >GC3 (27.80%)；有效密码子数(ENC)范围为37.66 ~ 54.43，及ENC值>45的有37个；RSCU >1的密码子有29个，其中16个以U结尾、12个以A结尾；这些说明其偏好以AT结尾，且偏性较弱。中性绘图分析显示GC12与GC3的相关系数0.250，相关性不显著，回归系数为0.394；ENC-plot分析显示ENC比值位于-0.05 ~ 0.15区间的基因有39个；且PR2-plot分析在碱基的使用频率方面，U > A、G > C；说明降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性主要受选择的影响；19个密码子被确定最优密码子。本研究为降香黄檀叶绿体基因工程、遗传多样性分析等研究提供了科学参考依据。

 点击量 4268  下载量 1334  评论