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1. chinaXiv:202003.00063 [pdf]

烟草TIR-NBS基因家族的生物信息学分析

董亚萍; 杨仕梅; 赵德刚; 宋 莉
Subjects: Biology >> Botany >> Applied botany

TIR-NBS基因是一类与植物抗病调节和生长发育密切相关的基因,其特征解析有助于对植物免疫和发育调节的认识。通过生物信息学分析方法,从基因鉴定、染色体分布、基因结构、蛋白性质和结构、信号肽、亚细胞定位和顺式作用元件等方面,对烟草TIR-NBS基因家族进行鉴定和分子特性分析。研究发现,烟草TIR-NBS基因家族含有30条成员,分布在21条染色体上,含有3~8个保守基序;编码蛋白均为不稳定蛋白,无信号肽,主要分布于细胞核、细胞质和叶绿体中,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主要构成元件;进化时主要受纯化选择作用,与番茄的TIR-NBS基因亲缘关系最近;顺式作用元件分析表明其可能受光照、温度以及生长素、茉莉酸甲酯、脱落酸、水杨酸、赤霉素等激素调控。研究结果为进一步探究TIR-NBS基因的生物学功能及提高植物产量和品质提供了依据。

submitted time 2020-03-24 From cooperative journals:《广西植物》 Hits174Downloads90 Comment 0

2. chinaXiv:202003.00018 [pdf]

杜仲基因密码子使用模式分析

王艳; 赵懿琛; 赵德刚
Subjects: Biology >> Botany >> Applied botany

为了解杜仲基因密码子使用模式,以杜仲基因组密码子为研究对象,运用CodonW软件对杜仲的320个蛋白编码基因进行同义密码子相对使用频率(RSCU)分析、ENC-GC3S关联分析编码基因的密码子ENC值、PR2-plot偏倚分析编码基因的密码子碱基使用频率。运用CUSP软件与Codon Usage Database软件对杜仲基因密码子的GC含量、使用频率与代表性物种烟草、拟南芥、大肠杆菌和酿酒酵母的密码子GC含量和使用频率进行比较。结果表明:杜仲基因密码子的RSCU>1的密码子有30个,其中18个以G/C结尾、12个以A/U结尾;说明杜仲基因密码子偏好以G/C结尾,且偏好性较强。有效密码子数(ENC)范围为30~60,该范围内的密码子距离标准曲线较近其ENC值小,偏好性较强。PR2-plot偏倚分析碱基使用频率显示G>C、U>A。杜仲与代表性物种的GC含量分析显示杜仲的GC12、GC3以及平均GC含量均高于代表性物种;杜仲与代表性物种的密码子使用频率分析表明杜仲与烟草、酿酒酵母的密码子偏好较为接近,杜仲与拟南芥、大肠杆菌的密码子偏好差距较大。杜仲是我国特有的珍贵中药材对其进行密码子使用模式分析,研究其密码子偏好规律,为杜仲植物基因工程中外源基因的改良及表达提供理论基础。

submitted time 2020-03-06 From cooperative journals:《广西植物》 Hits5476Downloads81 Comment 0

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