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1. chinaXiv:202002.00024 [pdf]

新冠肺炎(COVID-19)中药天然产物计算筛选与文献证据集成分析

高敏; 朱月星; 熊江辉
Subjects: Medicine, Pharmacy >> Other Disciplines of Medicine and Pharmacology

药物重定位(老药新用)策略在新发传染病中具有独特应用前景。我们前期提出了一种新的药物重定位系统——aCODE,可以基于疾病流行早期有限信息对潜在有效的天然产物进行预测。本文基于计算工具与文献证据,对可能在新冠病毒肺炎(COVID-19)防治中发挥作用的中药天然产物进行理论研究,发现:(1)文献调研共发现56种经过实验验证具有抗冠状病毒活性的天然产物成分,可靶向冠状病毒的结构蛋白和非结构蛋白;(2)将aCODE系统所预测的抗冠状病毒天然产物成分与文献证据对比,发现交集有大黄素、甘草酸、人参皂苷R1、利血平和杨梅素等。大黄素可破坏冠状病毒S蛋白与宿主ACE2相互作用,阻止病毒入侵宿主细胞;同时具有抑制3a蛋白离子通道、阻止病毒释放的作用。甘草酸或其衍生物也是国内相关团队在新冠病毒肺炎治疗研究中重点关注的候选药物,已进入临床试验。(3)针对中药预测结果中大量出现的芳香化合物,aCODE系统增加芳香植物提取物数据源,计算发现氨基肉桂酸、肉桂醛、茴香烯、紫苏醇、芳樟醇、柠檬烯具有潜在的抗病毒效应。提示“芳香避秽”的细胞分子学机理值得进一步深入研究。

submitted time 2020-02-16 Hits265Downloads27 Comment 0

2. chinaXiv:202002.00009 [pdf]

一种新型冠状病毒药物与天然产物快速发现的计算药理学方法

全源; 梁峰吉; 熊江辉
Subjects: Biology >> Virology

新发传染病爆发流行期间,亟需提出候选药物功效、机制、毒副作用的可供验证的科学假说。疫苗或新药研发均需要一定时间,因而药物重定位(老药新用)策略有其用武之地。但是新发疾病其病原体、宿主反应的临床数据不充分制约了候选药物假设的提出。此阶段常根据病人临床特征进行广谱抗病毒药物的尝试。本文借鉴人工智能领域常见的启发式搜索思路,提出一种新方法(aCODE),基于前期有一定疗效提示的广谱抗病毒药,获得其宿主靶蛋白集合,在全基因组尺度上搜索与之相关性最高的基因模块组合,进而对候选化合物(如已批准上市药物、天然产物)进行模式匹配与统计检验排序。本方法可根据临床实践的进展更新输入药物,迭代输出更精准结果,输出的天然产物或中药、药食同源成分结合其它信息后可实施快速测试,形成敏捷研发测试闭环;并为爆发期医疗资源极其有限情况下大量人群的居家预防与方案测试提供科学支持。

submitted time 2020-02-04 Hits794Downloads243 Comment 0

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