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1. chinaXiv:202001.00105 [pdf]

阴地蕨全转录组分析及植物激素信号转导相关基因筛选

张林甦; ?韩忠耀; ?王传明; ?邓先扩
Subjects: Biology >> Botany >> Applied botany

阴地蕨是蕨类阴地蕨科阴地蕨属常用植物药,其生长发育有一定的代表性,为获得其转录组等生物学信息进行了二代测序和分析。该文以新鲜阴地蕨全株为材料,用Illumina HiSeq 2500 平台进行全转录组测序,干净序列经组装后得单一基因( Unigene ) , 将Unigene 在非冗余蛋白/ 核酸数据库( nonredundant protein?database,Nr)、核酸序列数据库(Nucleotide Sequence Database,Nt)、基因本体论数据库(gene ontology,GO)、蛋白质真核同源数据库(clusters of eukaryotic orthologous?groups,COG ) 、东京基因与基因组百科全书( Kyoto encyclopedia of genes and?genomes,KEGG)、蛋白质序列数据库SwissProt 和Interpro 进行生物信息学分析。结果显示共获得干净序列6.67 Gb ,组装后得到58 646 个Unigene,平均长度1 023bp,Unigene 在上述数据库的总体注释率为69.25%,其中,在GO 数据库中20 762个基因被注释到生物功能、细胞组分和分子功能3 个本体的52 个功能组,COG 注释了20 633 个基因并将其划分为25 个功能簇,在KEGG 数据库中比对注释了29 377个基因,可划分为5 个大类、19 个亚类代谢途径,据此筛选出八类植物激素信号转导相关的41 个基因家族;通过比对共得到43 102 个编码序列(coding sequence,CDS),平均长度749 bp, N50 为1 137;筛选到60 个转录因子transcript factor,TF)家族共1 502个转录因子基因;共发现17 195 个单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphism,SNP)位点,其中碱基转换11 122 个,颠换6 073 个;发现了8 245 个简单序列重复(simple sequence repeat,SSR),数量最多的为二核苷酸重复和三核苷酸重复。这些结果从功能和结构方面提供了阴地蕨整体转录组信息和涉及植物激素信号转导的潜在基因,为进一步深入研究阴地蕨的生长发育、遗传、品种鉴别等提供了分子生物学的基础数据。

submitted time 2020-01-12 From cooperative journals:《广西植物》 Hits5781Downloads512 Comment 0

2. chinaXiv:201812.00798 [pdf]

基于16S rRNA测序分析奶牛体外发酵中瘤胃细菌多样性的变化

李烨青; 奚雨萌; 曾涵芳; 张林; 陈孟姣; 韩兆玉
Subjects: Biology >> Zoology

本试验旨在通过16S rRNA测序技术,分析奶牛体外发酵瘤胃微生物区系随时间推移的变化规律,为探究瘤胃微生物繁殖规律及完善体外发酵分析方法提供支持。试验使用体外产气法进行发酵。采集3头健康奶牛的新鲜瘤胃液,与人工唾液混合后,注入盛有发酵底物的发酵瓶,39 ℃水浴振荡培养,分别于0、6、12、24、48 h采集发酵液,用16S rRNA测序技术分析瘤胃细菌变化规律。结果表明:1)所有的序列被鉴定为14个门和59个属。随着时间的变化,在门水平上,纤维杆菌门(Fibrobacteres)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和黏胶球形菌门(Lentisphaerae)的相对丰度减少,纤维杆菌门、拟杆菌门在48 h时显著低于其他时间点(P<0.05),黏胶球形菌门在24 h时显著低于其他时间点(P<0.05)。而螺旋体门(Spirochaetae)和变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度增加,螺旋体门在48 h时显著高于其他时间点(P<0.05),变形菌门在12、24、48 h时显著高于其他时间点(P<0.05);随着时间的变化,在属水平上,丁酸弧菌属(Butyrivibrio)和瘤胃球菌属(Ruminococcus)的相对丰度增加,均在在48 h时显著高于其他时间点(P<0.05);而解琥珀酸菌属(Succiniclasticum)和普雷沃氏菌属(Prevotella)的相对丰度则减少,解琥珀酸菌属在24、48 h显著低于其他时间点(P<0.05),普雷沃氏菌属在48 h时显著低于其他时间点(P<0.05)。2)试验获得15 792个操作分类单位(OTU)并进行多样性分析,稀释曲线达到平台期;Simpson指数和Shannon指数均表明菌群丰度具有先降低后升高的趋势。综上所述,奶牛瘤胃体外发酵过程中,瘤胃细菌主要的门以及属的相对丰度以及多样性均随时间推移发生改变,且因瘤胃细菌功能差异在发酵过程的变化更为显著。因此,在使用体外发酵法进行研究时,应充分考虑瘤胃细菌的功能差异与底物以及人工唾液的营养物质减少引起的发酵环境变化的关系。

submitted time 2018-12-25 From cooperative journals:《动物营养学报》 Hits626Downloads357 Comment 0

3. chinaXiv:201812.00119 [pdf]

基于网络社团划分方法的多维数据聚类研究

吴行斌; 郭强; 张林兵; 梁耀洲; 刘建国
Subjects: Computer Science >> Integration Theory of Computer Science

为了解决传统聚类方法在多维数据集中聚类效果不佳的问题,提出了将网络社团划分的方法,应用到多维数据聚类分析中。对于一个多维数据集,首先对分析对象进行特征提取,构建出每个对象的特征向量,通过计算皮尔森相关系数来度量不同特征向量之间的相似性,从而构建出一个相似性网络,采用Blondel算法对该网络进行社团划分达到聚类的效果。实验结果表明该方法可以在多维数据聚类中得到较好的聚类结果,准确率达到92.5%,优于k-means算法的75%。

submitted time 2018-12-13 From cooperative journals:《计算机应用研究》 Hits556Downloads312 Comment 0

4. chinaXiv:201809.00112 [pdf]

面孔可信度对助人行为的影响:依恋安全的调节作用

王秀娟; 王娜; 韩尚锋; 刘燊; 张林
Subjects: Psychology >> Social Psychology

分别从特质依恋和状态依恋角度考察施助者的依恋安全在求助者面孔可信度与助人行为之间的调节作用。结果发现:(1)求助者面孔可信度影响助人行为, 面孔可信度高的求助者得到的助人行为显著多于面孔可信度低的求助者; (2)施助者的依恋安全调节求助者面孔可信度与助人行为之间的关系, 安全依恋能有效缓冲低面孔可信度带来助人行为下降的趋势。本研究结果表明依恋安全有助于提升社会安全感和促进亲社会行为, 因此应注重依恋安全的培养。

submitted time 2018-09-07 From cooperative journals:《心理学报》 Hits1771Downloads1181 Comment 0

5. chinaXiv:201809.00069 [pdf]

自我积极表情加工优势效应:来自ERPs的证据

谭群; 尹月阳; 刘燊; 韩尚锋; 徐强; 张林
Subjects: Psychology >> Cognitive Psychology

基于自我加工优势和内隐积极联想理论, 采用视觉搜索范式结合ERPs技术考察个体自我表情加工的特点, 并进一步探讨情绪效价和身份信息对面孔加工的直接影响。结果发现:(1)搜索自我快乐表情比自我愤怒表情及两类他人表情速度更快、正确率也更高; (2)自我快乐表情对N1、N2、LPP成分的激活显著大于自我愤怒表情及两类他人表情。自我表情加工存在积极加工偏向, 且这种加工优势在面孔加工早期视觉编码阶段就已出现。

submitted time 2018-09-07 From cooperative journals:《心理学报》 Hits1319Downloads785 Comment 0

6. chinaXiv:201712.00775 [pdf]

五指山小型猪肝脏的三维数字化建模

张立力(1); 肖菊姣(2); 许广威(2); 孔祥雪(2); 付茂庆(2); 王张林(2); 李鉴轶(2)
Subjects: Medicine, Pharmacy >> Preclinical Medicine

目的 建立五指山小型猪肝脏的三维数字化模型,并进行肝脏相关术式的虚拟设计,为肝切除术培训提供参考模型。方法用过氯乙烯乙酸乙酯材料混合氧化铅灌注胆总管、肝总动脉,牙托材料混合氧化铅灌注肝静脉、门静脉。对灌注后的肝脏标本进行CT扫描,所获得的数据用mimics软件进行三维重建,并设计肝切除术的断层图像。用浓盐酸腐蚀灌注标本,制作小型猪肝内管道结构铸型标本。结果 铸型标本轮廓较饱满,管道末梢细密,可显示门静脉、肝静脉的5~6级分支,肝动脉、胆管的3~4级分支。三维数字化模型立体感强,可清晰显示肝静脉、门静脉的3~4级分支,肝动脉、胆管的2~3级分支。三维数字化模型显示的分级数比铸型标本少,但能显示的管道结构分布走行情况与铸型标本相同。虚拟切割肝组织,可清晰显示肝断面的管道结构与肝脏软组织的空间位置关系。结论 三维数字化模型可清晰立体地显示肝脏内部管道结构的分布走行,虚拟术式设计可提供大致的肝脏断面管道结构分布情况,为腹腔镜肝切除术培训提供数字化参考模型。

submitted time 2017-12-07 From cooperative journals:《南方医科大学学报》 Hits634Downloads345 Comment 0

7. chinaXiv:201711.02143 [pdf]

利用杂交水稻开花比例鉴定耐高温性的方法

徐富贤; 周兴兵; 蒋 鹏; 张 林; 熊 洪; 郭晓艺; 朱永川; 刘 茂
Subjects: Agriculture, Forestry,Livestock & Aquatic Products Science >> Basic Disciplines of Agriculture

选用水稻开花期耐高温能力强的品种, 是缓解极端自然高温导致大幅减产的有效途径之一。为改进水稻品种耐高温性的鉴定技术, 2013 年和2014 年以4 个杂交水稻品种为材料, 用钵栽方法, 分别在开花前后不同时间将钵栽水稻移至人工气候室38.0 ℃高温下处理5 h, 以室外常温(穗层日最高气温31.2~32.8 ℃)处理为对照, 研究极端高温时段对结实率的影响。2015 年和2016 年以40 个杂交中稻组合为材料进行5 个分期播种试验, 于水稻穗层温度达35 ℃以上时期, 从5 个播种期中选择20 个同期开始抽穗、生长整齐的稻穗挂牌标记,观察不同时段开花比例, 以研究品种间开花期耐高温能力与不同时间开花比例关系。结果表明, 杂交水稻开花期高温下11:30 前的开花比例、常温下12:00 前开花比例分别与耐高温指数呈极显著正相关关系, 耐高温品种主要通过提高高温下的结实率而间接增强其耐高温指数, 而高温下的结实率则直接影响耐高温指数。高温下开花早的品种在常温下开花也早, 杂交水稻开花时间主要集中在9:30—12:30, 品种间在不同时刻开花的比例各异。开花后2 h 遇高温对结实率影响不明显; 穗层气温34 ℃、35 ℃且频率达80%以上的最早出现时间分别在13:30 和15:30, 选择日最高温度≥34 ℃或35 ℃出现前2 h 开花比例高的品种, 能有效地避开高温伤害。基于以上分析分别建立了利用开花期高温下11:30 前开花比例、常温下12:00 前开花比例和高温下结实率3 个指标预测鉴定耐高温指数回归模型, 准确率(预测值/实测值)高达92.29%~102.73%。为水稻品种开花期耐高温性鉴定提供了科学适用的新方法。

submitted time 2017-11-10 From cooperative journals:《中国生态农业学报》 Hits786Downloads456 Comment 0

8. chinaXiv:201711.02351 [pdf]

陕北黄土丘陵区山地苹果园的土壤水分动态研究

李佳旸; 王延平; 韩明玉; 张林森; 韩稳社
Subjects: Agriculture, Forestry,Livestock & Aquatic Products Science >> Basic Disciplines of Agriculture

掌握土壤水分特征是实现果园科学管理、有限雨水资源合理高效利用、保证果树高产优质的关键。以陕北米脂山地6 年生红富士苹果园为研究对象, 于2015 年4 月—2016 年6 月采用FDR、中子水分仪和烘干 法相结合的土壤水分监测方法, 分析了山地苹果园的土壤水分总体特征、单株不同位点的水分动态以及不同旱作措施(秸秆覆盖、起垄覆膜垄沟集雨、有机肥覆盖)的土壤水分环境效应。结果表明: 陕北山地果园时段干旱严重, 最严重的为苹果树新梢生长和幼果发育期; 春季土壤干旱程度取决于上年入冬前土壤储水量高低。果园0~60 cm 土层(根系分布集中层)水分随降雨量而变化, 表现为较一致的季节变化特征; 土壤水分的变化滞后于降雨变化, 且降雨对土壤水分的影响随土层加深而减弱, 100 cm 深土层受降雨影响减弱, 土壤剖面200 cm以下土层土壤含水量保持相对稳定。6 年生山地苹果园土壤已经出现干化现象, 且在90~300 cm 存在明显的低湿层, 土壤体积含水量常年处在12%以下。苹果树单株尺度范围内, 土壤含水量随距树干距离增加单调递增;土壤水分的平均值处在距树干105 cm 处; 沿行向距树干不同距离位点的土壤含水量显著高于沿株向距树干等距离位点的含水量(P<0.05)。秸秆覆盖、起垄覆膜垄沟集雨和有机肥覆盖措施相较于空白对照(不覆盖、不灌溉)均能有效改善土壤水分环境, 缓解果树生育期内水分供需矛盾, 其中起垄覆膜垄沟集雨措施的保墒效果最佳, 建议陕北黄土丘陵区山地雨养苹果园采用起垄覆膜垄沟集雨的保墒措施。

submitted time 2017-11-09 From cooperative journals:《中国生态农业学报》 Hits894Downloads565 Comment 0

9. chinaXiv:201711.01821 [pdf]

温热环境因子影响肉鸡采食的调控机制研究进展

何晓芳; 陆 壮; 张 林; 李蛟龙; 高 峰; 周光宏
Subjects: Biology >> Zoology

采食量是影响肉鸡健康生长的重要因素,摄入的营养物质除一部分用于维持肉鸡基本生命代谢需求外,大部分用于保障肉鸡良好的生长性能。下丘脑作为中枢神经系统调节采食量的重要部位,它可以整合外周环境和各种信号分子,使得机体做出适当的反应,最终调节肉鸡的采食量。温热环境因子是实际生产中影响家禽采食行为和生长性能的重要环境因素,本文就温热环境因子对肉鸡采食行为的影响、下丘脑的摄食信号整合机制以及关键热信号分子的调控机制作一综述,以期为肉鸡温热环境控制提供理论依据。

submitted time 2017-11-07 From cooperative journals:《动物营养学报》 Hits706Downloads405 Comment 0

10. chinaXiv:201711.01823 [pdf]

环境温湿度对肉鸡营养物质代谢的影响及调控机制

陆 壮; 何晓芳; 张 林; 李蛟龙; 高 峰; 周光宏
Subjects: Biology >> Zoology

温热环境是影响家禽生产的一个重要因素。肉鸡对温度的影响十分敏感,而湿度又常与温度共同作用影响肉鸡的体温调节。本文综述了环境温湿度对肉鸡生长性能、神经内分泌机能以及糖、脂类、蛋白质和矿物质代谢的影响及调控机制,以期为肉鸡温热环境控制提供理论依据。

submitted time 2017-11-07 From cooperative journals:《动物营养学报》 Hits795Downloads495 Comment 0

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