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头花杜鹃、陇蜀杜鹃及杜鹃属植物叶绿体基因组比较分析

摘要:头花杜鹃(Rhododendron capitatum)和陇蜀杜鹃(R. przewalskii)是极具观赏价值的 野生花卉和药用植物。为探讨头花杜鹃和陇蜀杜鹃叶绿体基因组的遗传结构及进化特征,该 研究利用 Illumina HiSeq 4000 平台对头花杜鹃和陇蜀杜鹃的叶绿体全基因组进行测序,经 组装和注释后,结合 7 个已发表的杜鹃属植物叶绿体全基因组进行比较基因组学分析和系 统发育分析。结果表明:(1)头花杜鹃和陇蜀杜鹃叶绿体全基因组呈典型的环状四分体结 构,均由一个大单拷贝区(105 990、109 191 bp)、一个小单拷贝区(2 617、2 606 bp)和 一对反向重复区(45 825、47 516 bp)构成,全长分别为 200 257、206 829 bp。(2)头花 杜鹃和陇蜀杜鹃叶绿体基因组中共鉴定出 263 个SSR 位点,大部分 SSR 偏好使用 A/T 碱 基;密码子偏好使用 A/U 结尾。(3)杜鹃属植物叶绿体全基因组中普遍存在基因丢失以 及基因组重排等结构变异现象。该研究丰富了杜鹃属植物的基因组资源,为头花杜鹃、陇蜀 杜鹃的育种、遗传进化及系统发育等相关研究提供了理论基础。

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[V1] 2022-07-05 17:05:49 ChinaXiv:202207.00013V1 下载全文
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