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栽培大豆和野生大豆线粒体基因组密码子使用偏性的比较分析

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为分析栽培和野生大豆线粒体基因组的密码子使用特征差异,该文以其线粒体基因组编码序列为研究对象,比较其密码子偏性形成的影响因素和演化过程。结果表明:(1)栽培大豆和野生大豆线粒体基因组编码区的 GC 含量分别为 44.56%和 44.58%,说明栽培大豆和野生大豆线粒体编码基因均富含 A/T 碱基。(2)栽培大豆和野生大豆线粒体基因组密码子第 1、第 2 位 GC 含量平均值与第 3 位 GC 含量的相关性均呈极显著水平,说明突变在其密码子偏性形成中的作用不可忽略;PR2-plot 分析显示,在同义密码子第 3 位碱基的使用频率上,嘌呤低于嘧啶; Nc-plot 分析中Nc 比值位于-0.1~0.2 区间的基因数占总基因数的95%以上;突变和选择等多重因素共同作用影响了大豆线粒体基因组编码序列密码子使用偏性的形成。(3)20、21 个密码子分别被确定为栽培大豆和野生大豆线粒体基因组编码序列的最优密码子,其中除丝氨酸 TCC 密码子外均以 A 或 T 结尾。综上结果显示,栽培大豆线粒体密码子偏性的形成受选择的影响高于野生大豆,这可能是栽培大豆由野生大豆经长期人工栽培驯化的结果。
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Recommended references: 唐向民,?杨守臻,?陈怀珠,?孙祖东,?赖振光,?曾维英,?韦清源.(2020).栽培大豆和野生大豆线粒体基因组密码子使用偏性的比较分析.广西植物.[ChinaXiv:202008.00044] (Click&Copy)
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[V1] 2020-08-03 14:03:10 chinaXiv:202008.00044V1 Download
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