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差异基因表达谱分析小鼠烧伤早期免疫细胞刺激反应的相关基因靶标

Submit Time: 2017-12-07
Author: 金辉 1 ; 高艳彬 1 ; 卢志阳 1 ; 邹琼 1 ; 史鹏伟 1 ; 杨磊 1 ;
Institute: 1.南方医科大学南方医院烧伤科,广东 广州 510515;

Abstracts

目的 利用生物信息学方法对小鼠烧伤早期免疫细胞差异基因表达谱进行分析,筛选烧伤早期应对刺激反应相关基因靶标。方法 从GEO数据库中下载GSE7404数据集,通过配对样本t检验和倍比法筛选差异表达基因,利用DAVID数据库进行GO功能富集分析筛选刺激反应相关差异表达基因,并进行KEGG通路富集分析,同时应用STRING数据库及Cytoscape软件构建刺激反应相关基因的蛋白互作网络,运用荧光定量PCR技术验证其中部分基因差异表达。结果(1)在烧伤后第1天共有259个刺激反应相关差异基因被选出,其中上调基因118个,下调基因141个。KEGG通路富集分析显示差异基因主要富集于免疫相关通路及细胞生长与死亡相关通路;将259个刺激反应相关差异基因通过STRING数据库及Cytoscape软件进行蛋白互作网络分析,分析显示Lck、Stat1、Myd88、Stat3和Jun基因同时在蛋白互作网络中具有最大互作关系和在子网络中处于中心位置,可能是潜在的诊断及治疗靶标; (2)实时荧光定量PCR技术检测显示Lck、Stat1、Myd88、Stat3和Jun基因表达情况与分析结果相一致。结论 通过对小鼠烧伤后第1天全血游离白细胞基因芯片分析我们发现Lck、Stat1、Myd88、Stat3和Jun基因在烧伤早期刺激反应过程中发挥重要的作用。
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Recommended references: 金辉,高艳彬,卢志阳,邹琼,史鹏伟,杨磊.(2017).差异基因表达谱分析小鼠烧伤早期免疫细胞刺激反应的相关基因靶标.南方医科大学学报.[ChinaXiv:201712.00693] (Click&Copy)
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